ANALISIS PROFIL PROTEIN BAKTERI UBCR_12 DAN UBCR_36 SELAMA INTERAKSINYA DENGAN Colletotrichum gloeosporioides, Fusarium oxysporum DAN Sclerotium rolfsii

Bakteri rhizosfer banyak digunakan sebagai agen biokontrol untuk mengendalikan serangan jamur fitopatogen pada tanaman. Agar diperoleh agen biokontrol dengan aktivitas penekanan yang maksimal, diperlukan informasi menyeluruh terkait bagaimana mekanisme antagonis itu dihasilkan, sehingga menjadi acuan untuk menentukan modifikasi-modifikasi yang dapat mendorong peningkatan aktivitas penekanannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi profil protein bakteri isolat UBCR_12 dan UBCR_36 yang terbentuk selama interaksinya dengan C. gloeosporioides, F. oxysporum dan S. rolfsii. Uji antagonis dilakukan pada dua jenis media yaitu media PDA basal dan media PDA modifikasi dengan penambahan 2% pepton. Selanjutnya dilakukan analisis dengan pendekatan proteomik menggunakan teknik SDS-PAGE untuk memvisualisasi pita protein spesifik yang diduga terlibat dalam mekanisme antagonis bakteri rhizosfer. Aktivitas penekanan tertinggi dari UBCR_12 dan UBCR_36 pada media PDA basal diperoleh terhadap F. oxysporum sebesar 53,6% dan 58,9% yang diduga diregulasi oleh penurunan ekspresi (down-regulated) pita protein berukuran 15 dan 37 kDa. Aktivitas penekanan tertinggi kedua isolat pada media PDA modifikasi diperoleh terhadap S. rolfsii sebesar 75,9% dan 62,9% masing-masingnya, dan diduga diregulasi oleh peningkatan ekspresi (up- regulated) pita protein berukuran 54 dan 60 kDa. Kedua isolat bakteri antagonis memperlihatkan profil ekspresi proteom ekstraseluler yang sama ketika berinteraksi dengan spesies jamur fitopatogen yang sama di media PDB basal. Sebaliknya, profil proteom ekstraseluler yang dihasilkan di media PDB dengan kandungan pepton menunjukkan variasi jumlah pita protein yang terekspresi dan perbedaan level ekspresi di masing-masing isolat selama interaksinya dengan jamur fitopatogen