Les microbiotes des ruminants : état des lieux de la recherche et impacts des microbiotes sur les performances et la santé des animaux

Cet article a fait l’objet d’une présentation aux 25es Rencontres Recherches Ruminants (3R).International audienceRuminants, like other mammals, host trillions of symbiotic microbes, the microbiota, in their skin, digestive, respiratory and genital tracts, etc. The composition and functions of these microbiota depend on their location. Omics approaches, particularly new- generation sequencing, have made the characterization of the microbiota, their genes and activities possible. A particularity of ruminants is the presence of a specialized microbiota in the rumen composed of bacteria, protozoa, archea and fungi. Located upstream of the absorption sites, it plays a central role in ruminant nutrition. Ruminant production is impacted by the gut microbiota (whose population is specific to the segments under consideration) and the microbiota associated with udder skin (a major reservoir of raw milk microbial diversity). These different microbes interact with each other and with their host under the influence of various factors of variation, such as the diet, the living environment and breeding practices in early life and the living environment. Recent studies show a potential genetic control by the host of its microbial communities. Also, there is accumulated evidence of the links between the microbiota and animal health, feed efficiency, performance, product quality and greenhouse gas production. Such findings justify the growing interest of farmers for animal microbiota and their modulation.Les ruminants, comme tous les mammifères, hébergent des billions de microbes symbiotiques, constituant les « microbiotes » de la peau, des voies digestives, respiratoires et génitales etc. La composition et les fonctions de ces microbiotes dépendent, entre autres, de leur habitat. L’utilisation des approches « -omiques », en particulier le séquençage de nouvelle génération, a permis de caractériser les organismes composant les microbiotes, leurs gènes et leurs activités. Les ruminants se distinguent par la présence dans leur rumen d'un microbiote spécialisé, composé principalement de bactéries, de protozoaires, d’archées et de champignons. Situé en amont des sites d'absorption, il joue un rôle central dans la nutrition des ruminants. La production des ruminants est particulièrement influencée par le microbiote intestinal (dont la population est diversifiée et spécifique du segment considéré) et le microbiote associé à la peau de la mamelle (réservoir important de la diversité microbienne du lait cru). Ces différents microbes interagissent entre eux et avec leur hôte sous l'influence de divers facteurs de variation, dont le principal est le régime alimentaire, mais aussi le milieu de vie et les pratiques d'élevage au début et milieu de la vie de l'animal. Des études récentes montrent un contrôle génétique potentiel par l'hôte de ses communautés microbiennes. En outre, il existe une accumulation de preuves des liens entre les microbiotes et la santé animale, l'efficacité de l'alimentation, les performances, la qualité des produits et la production de gaz à effet de serre. Ces constatations justifient l'intérêt croissant des éleveurs pour les microbiotes des animaux et leur modulation