Les microbiotes des ruminants: état des lieux de la recherche et impacts des microbiotes sur les performances et la santé des animaux

Séance : Le MicrobiomeInternational audienceRuminants, similar to humans and other mammals, host trillions of symbiotic microbes, the microbiota,in their skin, digestive, respiratory and genital tracts. The composition and functions of these microbiotasdepends on their location. A particularity of ruminants is the presence of a specialized microbiota in therumen composed by bateria (50 % of biomass), protozoa, archea and fungi. Omics approaches,particularly new-generation sequencing, have made possible to characterize members of the microbiota,their genes and their activities. The ruminal microbiota, located upstream of the absorption sites, has acentral role in ruminant nutrition. Ruminant production is also impacted by the gut microbiota and themicrobiota associated to the udder skin. The intestinal microbiota is diverse and specific to the segmentsunder consideration. Finally, the microbiota of the udder skin is a major reservoir of the microbialdiversity of raw milk. These different microbes interact with each other and with their host under theinfluence of various factors of variation. Diet is the main factor in the modulation of gut microbiota,whereas feeding practices in early life also influence the implantation kinetics and structure of themicrobiota. The living environment of the animal, in connection with diet, has a particular impact on themicrobiota of the udder skin. Recent studies show a potential genetic control by the host of its microbialcommunities. Also, there is accumulated evidence of the links between microbiota and animal health,feed efficiency, performance, products quality and greenhouse gas production. Such findings justify thegrowing interest of farmers on animal microbiotas and their modulation.Les ruminants, tout comme l’Homme et les autres mammifères, hébergent des billions de microbessymbiotiques, constituant les « microbiotes » de la peau, des voies digestives, respiratoires et génitales.La composition et les fonctions de ces microbiotes dépendent de leur emplacement. Une particularitédes ruminants est la présence d'un microbiote spécialisé dans le rumen, composé principalement debactéries (50 % de la biomasse), de protozoaires, d’archées et de champignons. L’application desapproches omiques, en particulier le séquençage de nouvelle génération a permis de caractériser lesmembres du microbiote, leurs gènes et leurs activités. Le microbiote ruminal, situé en amont des sitesd'absorption, joue un rôle central dans la nutrition des ruminants. La production des ruminants est aussiparticulièrement influencée par le microbiote intestinal et le microbiote associé à la peau de la mamelle.Les populations microbiennes intestinales sont diversifiées et leur composition est spécifique dessegments considérés. Enfin, le microbiote cutané de la mamelle est un réservoir important de la diversitémicrobienne du lait cru. Ces différents microbes interagissent entre eux et avec leur hôte sous l'influencede divers facteurs de variation. Le régime alimentaire est le principal facteur de modulation desmicrobiotes digestifs, tandis que les pratiques d'alimentation au début de la vie influencent égalementla cinétique d'implantation et la structure de ces microbiotes. Le milieu de vie de l'animal, en relationavec l'alimentation, a un impact particulier sur le microbiote cutané mammaire. Des études récentesmontrent un contrôle génétique potentiel par l'hôte de ses communautés microbiennes. En outre, ilexiste une accumulation de preuves des liens entre le microbiote et la santé animale, l'efficacité del'alimentation, les performances, la qualité des produits et la production de gaz à effet de serre. Cesconstatations justifient l'intérêt croissant des éleveurs pour les microbiotes des animaux et leurmodulation