Genetic variabilityanalysis of Europian wild boar (Sus scrofa)

Šio darbo tikslas buvo įvertinti Lietuvos ir Baltijos šalių šernų populiacijos genetinę įvairovę mitochondrinės DNR D-kilpos regiono pagausiunimo ir atsitiktinai amplifikuotos polimorfinės DNR (APPD) metodais. Tiriamieji mėginiai buvo surinkti iš 16 regionų: Mažeikių, Marijampolės, Kazlų Rūdos, Kėdainių, Rokiškio, Alytaus, Lazdijų, Varėnos, Vilniaus-Šalčininkų, Jonavos, Radviliškio, Trakų ir Baltarusijos bei Estijos. mtDNR D-kilpos regiono amplifikacijai, naudoti pradmenys MITL4/MITH4, MITL44/MITH45. Gauti rezultatai nusekvenuoti Biotechnologijos instituto sekvenavimo centre. Atlikus Europinio šerno (Sus scrofa) AAPD žymenų tinkamumo populiaciniam kintamumui įvertinti analizę, nustatyta, kad ROTH180-06 ir ROTH180-09 pradmenys yra tinkami tarppopuliaciniam kintamumui vertinti (pradmenys atspindi 65% ir 68% tarppopuliacinės įvairovės atitinkamai). Įvertinus genetinę šernų populiacijų struktūrą nustatyta, kad Lietuvos, Estijos ir Baltarusijos šalių populiacijos turi labai daug bendrų bruožų tarpusavyje. Darome prielaidą, kad šių šalių populiacijos sudaro vieną bendrą Baltijos šalių metapopuliaciją. Metapopuliacijos hipotezę patvirtina mtDNR D-kilpos kontrolinio regiono tyrimas panaudojant MITL4/MITH4 žymenį. Visuose tirtose Baltijos šalyse ir regionuose amplifikuoto regiono seka buvo identiška. Aptikti skirtumai palyginus šias sekas su Azijos regiono šernais ir Naminėmis kiaulėmis iš Europos bei Azijos.The aim of this work was to evaluate genetic diversity of the Lithuanian and Baltic wild boar populations using mitochondrial DNA D-loop region amplification and random amplified polymorphic DNA (RAPD) methods. Test samples were collected from 16 regions: Mazeikiu, Marijampoles, Kazlų Rųdos, Kėdainių, Rokiskio, Alytus, Lazdijų, Varėnos, Vilnius-Šalčininkų, Jonavos, Radviliškio, Trakų and Belarus and Estonia. for amplification of Sus scrofa mtDNA D-loop region we used MITL4/MITH4, MITL44/MITH45 primers. The obtained results were sequenced in Biotechnology Institute sequencing centre. RAPD analysis showed that ROTH180-06 and ROTH180-09 primers are suitable for interspecific analysis of examined wild boar populations. After genetic analysis we detected that all investigated populations (Lithuanian, Estonian and Belarusian) have a lot of common genotypes. We make hypothesis that populations from all investigated countries form one big metapopulation. mtDNA D-loop region analysis supports this hypothesis, because all investigated (marker MITL4/MITH4) individuals has the identical sequence.Vytauto Didžiojo universiteta