Potential of digestive efficiency for genetic improvement of feed efficiency in growing pigs in a context of diversification of feed resources, and the role of gut microbiota

La durabilité de la filière porcine est fortement affectée par la volatilité du coût des matières premières, ce qui entraîne une hétérogénéité croissante des ressources alimentaires utilisées en élevage. Dans ce contexte, l’objectif principal de cette thèse était de caractériser la variabilité génétique de l’efficacité digestive chez le porc en croissance en fonction de son alimentation, nouveau levier de sélection possible pour consolider l’amélioration de l’efficacité alimentaire. Le projet s’appuie sur un dispositif dédié, constitué de 1663 porcs Large White, dont 880 nourris avec un régime conventionnel (CO) (blé, orge) et 783 de leurs pleins-frères nourris avec un régime alternatif, riche en fibres (F) (son de blé, coques de soja, pulpe de betterave). Des développements méthodologiques préalables ont permis de prédire l'efficacité digestive individuelle sur la base d'un échantillon de fèces analysé par spectrométrie dans le proche infrarouge. Ainsi, les coefficients d’utilisation digestive (CUD) individuels de l’énergie, de la matière organique et de l’azote ont été prédits. Les performances d’efficacité alimentaire, de composition du microbiote intestinal (issu de séquençage partiel du gène de l’ARNr 16S), partenaire majeur de la digestion, et les génotypes (puce 70K) étaient par ailleurs disponibles pour tous les animaux. Dans un premier temps, la variabilité génétique de l’efficacité digestive a été estimée pour la première fois chez le porc en croissance : les trois CUD étaient modérément héritables pour les porcs nourris avec le régime CO (~0,25) et fortement avec le régime F (~0,55). L’efficacité digestive peut donc alors être intéressante pour améliorer l’efficacité alimentaire, car héritable et favorablement corrélée à ce caractère du point de vue génétique (44 %), part qui était supérieure à celle expliquée par la génétique de l’hôte (44%), which was higher than the part explained by host genetics (