Epidemiología molecular del rotavirus aviario en heces de pollos de corte en la Región Amazónica, Brasil, de agosto de 2008 a mayo de 2011

This study was partially supported by a grant from the Science and Technology Secretariat of Pará State, contract n° 067/2008 (Sedect/Fapespa/PA), and Instituto Evandro Chagas/SVS/MS, Brazil. Delana Andreza Melo Bezerra and Jane Haruko Lima Kaiano received a Grant fellowship from the Brazilian National Council for the Development of Science and Technology (CNPq).Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento. Laboratório Nacional Agropecuário. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal Rural da Amazônia. Instituto de Saúde e Produção Animal. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento. Laboratório Nacional Agropecuário. Belém, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Belém, PA, Brasil.Universidade Estadual de Londrina. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva. Londrina, PR, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Enteric viruses cause avian diseases that result in economic losses. Avian Rotavirus (AvRV) is the most important virus associated with enteritis in poultry. The main goals of this study were to determine the prevalence of AvRV using molecular tests in broiler chickens (Gallus gallus) from the metropolitan mesoregion of Belém (Pará State, Brazil), to provide epidemiological information, and to compare the rotaviruses detected in this study with reference to strains by phylogenetic analysis. Pooled fecal samples were collected from 37 poultry farms. The samples were tested for the NSP4 gene using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). In total, 35 (41.2%) of the 85 fecal samples were positive for NSP4. There were 19 (51.4%) farms with at least one poultry house positive for AvRV. Considering the distribution of positive samples by age, the chicks aged 31-45 days comprised 18 (51.4%) of the 35 rotavirus-positive samples. Analyzing the data by density population, the houses with more than 9 birds/m2 had 25 (86.2%) positive samples, showing that higher infection rates occurred in higher density houses. To confirm the RT-PCR results and perform phylogenetic analysis, 20 positive samples were selected for sequencing. The rotaviruses detected in our study were clustered in a single group and had 93.5 to 100% sequence identity at the nucleotide level. The most affected age group included broiler chickens older than 15 days. Climatic conditions and high population densities favored the spread of AvRV and supported its uniform maintenance between seasons.As viroses entéricas causam doenças em aves que resultam em perdas econômicas. O rotavírus aviário (AvRV) é o vírus mais importante associado à enterite em aves domésticas. Os principais objetivos deste estudo foram determinar a prevalência do AvRV, usando testes moleculares em frangos de corte (Gallus gallus) da mesorregião metropolitana de Belém (Estado do Pará, Brasil), fornecer informações epidemiológicas e comparar os rotavírus detectados com as cepas através da análise filogenética. Amostras fecais foram coletadas em 37 aviários e foram testadas para o gene NSP4 usando a reação em cadeia da polimerase via transcrição reversa (RT-PCR). No total, das 85 amostras fecais, 35 (41,2%) mostram-se positivas para NSP4. Foram encontrados 19 (51,4%) aviários com pelo menos um galpão positivo para AvRV. Considerando a distribuição de amostras positivas por idade, os frangos de 31-45 dias continham 18 (51,4%) das 35 amostras positivas para rotavírus. Analisando os dados pela densidade populacional, os galpões com mais de 9 aves/m² tiveram 25 (86,2%) amostras positivas, mostrando que índices maiores de infecção ocorreram em galpões de maior densidade. Para confirmar os resultado da RT-PCR e realizar a análise filogenética, 20 amostras positivas foram selecionadas por sequência. Os rotavírus detectados em nosso estudo foram reunidos em um único grupo e tiveram 93,5 a 100% de identidade sequencial no nível de nucleotídeos. O grupo etário mais atingido incluiu frangos de corte com mais de 15 dias. As condições climáticas e a alta densidade populacional favoreceram a disseminação do AvRV e sua manutenção uniforme entre as estações