Characterization of pistachio (Pistacia vera L.) with genomic-SSR and EST-SSR markers.

TEZ13088Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2018.Kaynakça (s. 43-50) var.XIII, 51 s. :_tablo ; c29 cm.Bu çalışmada farklı orijinli antepfıstığı (Pistacia vera L.) çeşit ve genotiplerinin moleküler olarak karakterize edilmesi amaçlanmıştır. Karakterizasyon çalışmasında antepfıstığı çeşitlerinden elde edilen transkriptom dizileri kullanılarak SSR primerleri dizayn edilmiştir. Dizayn edilen 100 adet genik SSR’lar arasından polimorfik olan 18 adet primer bu çalışma kapsamında geliştirilmiştir. Geliştirilen genik SSR ile daha önceden geliştirilen 18 adet genomik SSR primerleri toplam 72 adet antepfıstığının karakterizasyonunda kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre, toplam 192 allel elde edilmiş ve ortalama allel sayısı 5.3 olarak hesaplanmıştır. Polimorfizm bilgi içeriği (PIC) 0.07 ile 0.79 arasında değişim göstermiş ve ortalaması 0.52 olmuştur. Ortalama gözlenen ve beklenen heterozigotluk değerleri sırasıyla 0.51 ve 0.57 olarak hesaplanmıştır. Filogenetik analiz sonuçlarına göre, antepfıstığı çeşit ve genotipleri temelde İran ve Akdeniz ülkeleri çeşitleri olmak üzere iki ana grubta toplamıştır. Bu iki grup arasında ise Siirt grubu yer almıştır. Bu çalışma sonucunda geliştiirlen EST-SSR primerleri ile çeşitlerin karakterizasyonu sonucu elde edilen veriler antepfıstığında bundan sonra yapılacak çeşit tanımlama, genetik kaynakların karakterizasyonu, markör destekli seleksyon ve ıslah programları gibi çalışmalarda kullanılabilecektir.This study focused on the characterization of different cultivars and genotypes of pistachio (Pistacia vera L.). The SSR primers were designed by transcriptome sequenced from pistachio cultivars for characterization study. Totally 18 EST-SSRs were developed from 100 EST-SSR primer pairs in this study. Developed genic SSR in this study and previously developed 18 genomic SSR markers were used in 72 pistachio cultivars and genotypes for characterization. According to the results, a total of 192 alleles were predicted and the average allele number was 5.3. The Polymorphic Information Content (PIC) was between 0.07 and 0.79, and the average was 0.52. The observed heterozygosity (Ho) and the expected heterozygosity (He) were showed as 0.51 and 0.57. According to the phylogenetic analysis, pistachio cultivars and genotypes are grouped in two main classes of their origin, namely Iran and Mediterranean. ‘Siirt’ group is placed between Iran and the Mediterranean groups. The EST-SSR primers developed in this study along with the results of characterization will be used in further studies of pistachio in order for cultivar identification, germplasm characterization, marker-assisted selection, and molecular breeding studies.Bu Çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi Tarafından Desteklenmiştir. Proje no: FYL-2018-10667