Pines needles pathogens and fungal endophytes identification using molecular methods

2015 metais Lietuvos vakarinėje (Preila, Juodkrantė, Kredtinga) ir centrinėje (Kaunas) dalyje, buvo surinkti mėginiai (spygliai) nuo trijų rūšių pušų (lot. P.sylvestris; P. mugo; P. nigra). Tyrėme šių mėginių užsikrėtimą patogeniniais Lecanosticta acicola ir Dothistroma septosporum grybais. Aptikimui naudojome tris skirtingus būdus: simptomatinį, morfologinį grybų identifikavimą, bei identifikavimą panaudojant molekulinius metodus (klasikinė PGR ir tikro laiko PGR). Tyrimus atlikome Vytauto Didžiojo universiteto augalų ir gyvūnų laboratorijoje bei Gamtos tyrimų centre, botanikos institute. Mūsų tyrimo tikslas nustatyti patogeninių grybų Dothistroma septosporum ir Lecanosticta acicola infekciją bei endofitų buvimą pušų spygliuose. Morfologiniu būdu (mikroskopuojant) aptikome tiek Dothistroma septosporum, tiek Lecanosticta acicola konidijas. Polimerazės grandininės reakcijos (PGR) metodu su specifiniais pradmenimis identifikavome Dothistroma septosporum, tačiau nepavyko aptikti Lecanosticta acicola. Atlikę tikro laiko polimerazės grandininės reakciją (TL-PGR) identifikavome abu Dothistroma septosporum ir Lecanosticta acicola grybus. Gavome rezultatus, kad ištyrę 4 vietoves (Preila, Juodkrantė, Kretinga, Kaunas) nustatėme, kad iš 96 pušaičių buvo užsikrėtę 79 pušaitės Dothistroma septosporum, 17 jaunų pušaičių buvo sveikos. Dvi pušaitės P. Mugo (Preila) ir P. Silvestris (Kretinga) iš 96 pušaičių buvo užsikrėtę Lecanosticta acicola. Šios dvi pušaitės P. Mugo (Preila) ir P. Silvestris (Kretinga) buvo nustatytos su dvigubu užkrėtimu, jos buvo užsikrėtusios ir Dothistroma septosporum, ir Lecanosticta acicola.In 2015, in west (Preila, Juodkrantė, Kredtinga) and central (Kaunas) parts of Lithuania, samples (needles) were colected from three species of pine (lot. Pinus sylvestris, Pinus mugo, Pinus nigra). We analyzed these samples for infections Lecanosticta acicola and Dothistroma septosporum pathogenic fungus. For detection we used three different methods: symptomatic, morphological fungus identification, and identification using molecular techniques (classic PCR and real-time PCR). Research was made in Vytautas Magnus University plants and animals laboratory and Nature Research center, Botanical institution. Our main goal of this work was to detect pathogenic fungus Dothistroma septosporum and Lecanosticta acicola infection and endophytics in pinus needles With morphological method (microscopic examination) we found both Dothistroma septosporum and Lecanosticta acicola conidia. Using polymerase chain reaction (PCR) method with specific primers we identified Dothistroma septosporum, but failed to detect Lecanosticta acicola. Using real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) we identified both Dothistroma septosporum and Lecanosticta acicola pathogenic fungus. Samples were analysed and results show that in 4 locations (Nida, Juodkrante, Kretinga, Kaunas) we found that 79 of 96 young pines was infected with Dothistroma septosporum, 17 young pines were healthy. Two pines P. Mugo (Preila) and P. Silvestris (Kretinga) from 96 young pines were infected with Lecanosticta acicola. These two pines P. Mugo (Preila) and P. Silvestris (Kretinga) were detected with double infection, they were infected with both Dothistroma septosporum and Lecanosticta acicola.Gamtos mokslų fakultetasVytauto Didžiojo universiteta