Identifikasi Bakteri Penyebab Busuk Umbi Porang (Amorphophallus Muelleri Blume.) Dan Antagonisnya Berdasarkan Sekuen 16s Rdna Pada Variasi Waktu Dan Tempat Penyimpanan

Indonesia merupakan salah satu negara yang kaya sumberdaya alam, salah satunya adalah umbi porang. Umbi porang memiliki glukomanan dan kalsium oksalat. Diantara umbi yang termasuk dalam Famili Araceae, kandungan glukomanan yang paling tinggi adalah umbi porang yaitu 60 %. Indonesia merupakan salah satu negara pengimpor glukomanan dari Jepang. Hal ini disebabkan kurangnya pengetahuan masyarakat Indonesia mengenai glukomanan yang terkandung dalam umbi porang dan pengelolaannya. Glukomanan lebih banyak dimanfaatkan di Jepang dan permintaan ekspor tiap tahunnya masih terus meningkat. Saat ini, di Indonesia umbi porang umumnya dijual dalam bentuk chips porang sedangkan di Jepang, glukomanan digunakan sebagai polisakarida non terigu untuk pembuatan mie. Oleh karena itu, untuk meningkatkan perekonomian perlu dilakukan pengelohan umbi porang dalam bentuk glukomanan dan meningkatkan produktivitasnya. Untuk peningkatan produktivitas porang mengalami beberapa kendala diantaranya terjadi busuk umbi oleh mikroorganisme. Bakteri patogen yang banyak menyebabkan penyakit busuk umbi adalah Enterobacteriaceae. Dalam menanggulangi penyakit busuk umbi diperlukan mikroorganisme agen hayati yang mampu menekan pertumbuhan bakteri busuk umbi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendiagnosis gejala busuk umbi porang (Amorphophallus muelleri Blume) pada variasi tempat dan waktu selama masa penyimpanan, dan mengidentifikasi bakteri penyebab busuk umbi porang dan antagonisnya berdasarkan sekuen 16S rDNA. Sampel umbi porang yang digunakan sebanyak 72 umbi segar dengan berat antara 800 g – 1,9 kg. Variasi tempat penyimpanan yaitu di rak, tanah, dan lantai yang masing-masing terdiri atas 24 umbi. Variasi waktu penyimpanan dirancang selama 14 minggu, dengan pengamatan setiap minggu. Gejala busuk umbi terdiri atas perubahan warna, bau, dan tesktur serta luas area busuk umbi. Kondisi ruang penyimpanan berupa suhu dan kelembaban tidak dikontrol, namun diukur tiga kali sehari setiap pukul 05.00, 12.00 dan 17.00 WIB. Sampel umbi busuk diambil setiap minggu ketika mulai terlihat gejala busuk kemudian diisolasi bakterinya. Bakteri aerial diisolasi untuk menganalisis kualitas udara di tempat penyimpanan umbi busuk. Bakteri rhizosfer diisolasi untuk mendapatkan kandidat agen antagonis. Isolat bakteri busuk umbi diuji Postulat Koch untuk mendapatkan isolat penyebab busuk umbi porang. Isolat bakteri rhizosfer diuji antagonis terhadap isolat bakteri penyebab busuk umbi porang. Isolat bakteri penyebab busuk umbi dan rhizosfer yang terpilih diidentifikasi berdasarkan karakter fenotip dan molekular. Karakter fenotip digunakan sebagai data tambahan untuk mendukung pohon filogeni. Identifikasi molekular berdasarkan sekuen 16S rDNA dilakukan dengan tahapan ekstraksi DNA, uji kuantitatif DNA dengan nanodrop, uji kualitatif DNA menggunakan Elektroforesis Gel Agarosa 1 %, amplifikasi DNA dengan teknik PCR, sekuensing DNA, dan analisis data perubahan gejala busuk umbi serta dinamika bakteri busuk umbi dan bakteri aerial sehingga dapat direkomendasikan waktu dan tempat penyimpanan terbaik bagi umbi pascapanen. ix Hasil yang diperoleh menunjukkan rak adalah tempat penyimpanan terbaik dibandingkan di tanah dan lantai. Proses pembusukan di rak cenderung lebih lambat dibandingkan tanah dan lantai. Isolat bakteri busuk umbi selama 14 minggu masa penyimpanan diperoleh sebanyak 51. Hasil uji Postulat Koch menunjukkan dari 51 isolat busuk umbi yang didapatkan, tujuh diantaranya positif menyebabkan busuk umbi dan isolat PT4, PL9, dan PR11 dipilih untuk diidentifikasi berdasarkan frekuensi kemunculan pada setiap minggu pengamatan. Sebanyak sembilan isolat rhizosfer menunjukkan satu isolat yang mampu menghambat ketiga isolat bakteri busuk umbi porang yaitu isolat R7. Berdasarkan homologi sekuen 16S rDNA menunjukkan isolat PT4, PL9, dan PR11 memiliki similaritas 99,8 % dengan Bacillus cereus ATCC14579T sedangkan isolat R7 memiliki similaritas 99,7 % dengan Delftia tsuruhatensis PLC1755