Studi Karakteristik Genetik Populasi Induk Udang Vanname (Litopenaeus vannamei) F1 dan F2 Asal Hawaii Berdasar metode RFLP (Restriction Fragment Lengt h Polymorphism)

Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui keragaman genetik populasi induk udang vanname ( Litopenaeus vannamei ) asal Hawaii F1 dan F2 yang berasal dari panti pembenihan berdasar metode RFLP – mtDNA. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode deskriptif. Metode ekstraksi DNA dilakukan sesuai dengan prosedur Ovenden (2000), hasil ekstraksi diamplifikasi dilanjutkan dengan pemotongan oleh enzim restriksi. Enzim restriksi yang digunakan adalah Nla III. Parameter uji yang diamati adalah pada adanya kemungkinan untuk membandingkan pita-pita yang dihasilkan dari hasil pemotongan dengan enzim restriksi, untuk mengetahui keragaman genetiknya. Dari hasil pemotongan dengan enzim restriksi akan menghasilkan fragmen-fragmen dengan panjang yang berbeda. Perbedaan panjang fragmen ini dapat dilihat setelah dilakukan elektroforesis pada gel agarose. Hasil amplifikasi pada mitokondria DNA induk udang vanname F1 dan F2 menggunakan PCR dengan primer COIL dan COIH dengan konsentrasi 40 μ M telah menghasilkan pita tunggal mtDNA yang terletak pada 600bp. Dari hasil amplifikasi kemudian dilakukan pemotongan dengan enzim restriksi Nla III. Enzim restriksi ini dapat digunakan sebagai marker genetik udang vanname karena mampu memotong mtDNA induk udang vanname pada susunan basa-basa komplementernya. Pola fragmentasi yang terbentuk dari hasil pemotongan dengan enzim restriksi Nla III pada genom mtDNA induk udang vanname F1 hasil amplifikasi menghasilkan pola pemotongan Tipe C (125bp, 175bp, dan 225bp), Tipe D (125bp, 175bp, 225bp, dan 300bp), Tipe E (125bp, 175bp, 225bp, 300bp dan 500bp) dan Tipe F (125bp, 175bp, 225bp, 300bp, 350bp dan 500bp). Pada pemotongan genom mtDNA induk udang vanname F2 hasil amplifikasi menghasilkan fragmen pada 175bp, 225bp, 300bp, 350bp dan 500 bp sehingga memiliki pola fragmentasi Tipe E. Pada induk udang vanname F1 dari hasil perhitungan menggunakan metode perhitungan Hardy-Weinberg diperoleh nilai perbedaan genetik di dalam populasi sebesar 0,008. Nilai perbedaan genetik pada populasi induk jantan sebesar 0,0113 dan nilai perbedaan genetik pada populasi induk betina sebesar 0,0269. Sedangkan pada induk F2 nilai heterozigositasnya tidak dapat dihitung karena secara keseluruhan sampel homozigot. Dari hasil penelitian disarankan menggunakan induk udang vanname F1 sebagai indukan karena masih memiliki keragaman genetik yang lebih tinggi dibandingkan dengan induk F2. Selain itu juga perlu dilakukan penelitian lanjutan dengan menggunakan enzim-enzim restriksi yang lain