Identifikasi variasi Nukleotida daerah D-Loop DNA Mitokondria pada individu suku Sunda di Kampung Adat Naga dan Kuta

Daerah D-Loop DNA mitokondria (mtDNA) manusia memiliki tingkat polimorfisme yang lebih tinggi dibandingkan dengan DNA inti. Oleh karena itu, daerah D-Loop mtDNA dapat menentukan identitas individu atau etnis tertentu. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan variasi urutan nukleotida daerah D-Loop yaitu daerah Hipervariabel I (HV1) pada individu normal suku adat di Kampung Naga dan Kampung Kuta. Sampel yang digunakan yaitu akar rambut. Dalam menentukan variasi nukleotida telah dilakukan serangkaian tahapan penelitian, yaitu isolasi DNA mitokondria dari sampel akar rambut dengan menggunakan buffer lisis, amplifikasi sampel mtDNA menggunakan teknik PCR dengan primer M1 dan primer HV2R, deteksi fragmen mtDNA daerah D-Loop dengan elektroforesis gel agarosa, dan sekuensing produk PCR dengan metode Dideoksi Sanger serta dilakukan analisis urutan nukleotida hasil sekuensing. Hasil amplifikasi DNA dengan PCR menunjukkan pita pada daerah 1,0 kb. Analisis homologi dilakukan dengan membandingkan urutan nukleotida sampel dengan urutan nukleotida Cambridge, yang menunjukkan adanya 10 variasi. Variasi baru (morf) ditentukan dengan membandingkan hasil variasi kedua sampel dengan variasi dari Homo Sapiens Indonesia diantaranya Baduy, Sunda, Jawa (Sangiran), dan Madura. Hasil homologi menunjukkan adanya 4 variasi baru, yaitu c(16184)A, t(16209)C, a(16272)G, t(16519)C. Homo Sapiens Kampung Kuta dan suku Sunda (umum) mempunyai hubungan kekerabatan yang dekat. Nenek moyang dari kedua Homo sapiens tersebut berkerabat dekat dengan Homo Sapiens Naga, dan Homo Sapiens Naga berkerabat dekat dengan Homo sapiens suku Baduy. Nenek moyang Homo Sapiens kampung Kuta, suku Sunda, kampung Naga dan suku Baduy berkerabat dekat dengan Homo Sapiens Sangiran (Jawa). Homo Sapiens Madura kemungkinan besar merupakan Homo Sapiens tertua dilihat dari pohon filogenetik. Hasil penelitian ini diharapkan dapat melengkapi database manusia normal Indonesia