Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen
- Menden M. P.
- Wang D.
- Mason M. J.
- Szalai B.
- Bulusu K. C.
- Guan Y.
- Yu T.
- Kang J.
- Jeon M.
- Wolfinger R.
- Nguyen T.
- Zaslavskiy M.
- Abante J.
- Abecassis B. S.
- Aben N.
- Aghamirzaie D.
- Aittokallio T.
- Akhtari F. S.
- Al-lazikani B.
- Alam T.
- Allam A.
- Allen C.
- de Almeida M. P.
- Altarawy D.
- Alves V.
- Amadoz A.
- Anchang B.
- Antolin A. A.
- Ash J. R.
- Aznar V. R.
- Ba-alawi W.
- Bagheri M.
- Bajic V.
- Ball G.
- Ballester P. J.
- Baptista D.
- Bare C.
- Bateson M.
- Bender A.
- Bertrand D.
- Wijayawardena B.
- Boroevich K. A.
- Bosdriesz E.
- Bougouffa S.
- Bounova G.
- Brouwer T.
- Bryant B.
- Calaza M.
- Calderone A.
- Calza S.
- Capuzzi S.
- Carbonell-Caballero J.
- Carlin D.
- Carter H.
- Castagnoli L.
- Celebi R.
- Cesareni G.
- Chang H.
- Chen G.
- Chen H.
- Chen H.
- Cheng L.
- Chernomoretz A.
- Chicco D.
- Cho K. -H.
- Cho S.
- Choi D.
- Choi J.
- Choi K.
- Choi M.
- Cock M. D.
- Coker E.
- Cortes-Ciriano I.
- Cserzo M.
- Cubuk C.
- Curtis C.
- Daele D. V.
- Dang C. C.
- Dijkstra T.
- Dopazo J.
- Draghici S.
- Drosou A.
- Dumontier M.
- Ehrhart F.
- Eid F. -E.
- ElHefnawi M.
- Elmarakeby H.
- van Engelen B.
- Engin H. B.
- de Esch I.
- Evelo C.
- Falcao A. O.
- Farag S.
- Fernandez-Lozano C.
- Fisch K.
- Flobak A.
- Fornari C.
- Foroushani A. B. K.
- Fotso D. C.
- Fourches D.
- Friend S.
- Frigessi A.
- Gao F.
- Gao X.
- Gerold J. M.
- Gestraud P.
- Ghosh S.
- Gillberg J.
- Godoy-Lorite A.
- Godynyuk L.
- Godzik A.
- Goldenberg A.
- Gomez-Cabrero D.
- Gonen M.
- de Graaf C.
- Gray H.
- Grechkin M.
- Guimera R.
- Guney E.
- Haibe-Kains B.
- Han Y.
- Hase T.
- He D.
- He L.
- Heath L. S.
- Hellton K. H.
- Helmer Citterich M.
- Hidalgo M. R.
- Hidru D.
- Hill S. M.
- Hochreiter S.
- Hong S.
- Hovig E.
- Hsueh Y. -C.
- Hu Z.
- Huang J. K.
- Huang R. S.
- Hunyady L.
- Hwang J.
- Hwang T. H.
- Hwang W.
- Hwang Y.
- Isayev O.
- Don't Walk O. B.
- Jack J.
- Jahandideh S.
- Ji J.
- Jo Y.
- Kamola P. J.
- Kanev G. K.
- Karacosta L.
- Karimi M.
- Kaski S.
- Kazanov M.
- Khamis A. M.
- Khan S. A.
- Kiani N. A.
- Kim A.
- Kim J.
- Kim J.
- Kim K.
- Kim K.
- Kim S.
- Kim Y.
- Kim Y.
- Kirk P. D. W.
- Kitano H.
- Klambauer G.
- Knowles D.
- Ko M.
- Kohn-Luque A.
- Kooistra A. J.
- Kuenemann M. A.
- Kuiper M.
- Kurz C.
- Kwon M.
- van Laarhoven T.
- Laegreid A.
- Lederer S.
- Lee H.
- Lee J.
- Lee Y. W.
- Lepp_aho E.
- Lewis R.
- Li J.
- Li L.
- Liley J.
- Lim W. K.
- Lin C.
- Liu Y.
- Lopez Y.
- Low J.
- Lysenko A.
- Machado D.
- Madhukar N.
- Maeyer D. D.
- Malpartida A. B.
- Mamitsuka H.
- Marabita F.
- Marchal K.
- Marttinen P.
- Mason D.
- Mazaheri A.
- Mehmood A.
- Mehreen A.
- Michaut M.
- Miller R. A.
- Mitsopoulos C.
- Modos D.
- Moerbeke M. V.
- Moo K.
- Motsinger-Reif A.
- Movva R.
- Muraru S.
- Muratov E.
- Mushthofa M.
- Nagarajan N.
- Nakken S.
- Nath A.
- Neuvial P.
- Newton R.
- Ning Z.
- Niz C. D.
- Oliva B.
- Olsen C.
- Palmeri A.
- Panesar B.
- Papadopoulos S.
- Park J.
- Park S.
- Park S.
- Pawitan Y.
- Peluso D.
- Pendyala S.
- Peng J.
- Perfetto L.
- Pirro S.
- Plevritis S.
- Politi R.
- Poon H.
- Porta E.
- Prellner I.
- Preuer K.
- Pujana M. A.
- Ramnarine R.
- Reid J. E.
- Reyal F.
- Richardson S.
- Ricketts C.
- Rieswijk L.
- Rocha M.
- Rodriguez-Gonzalvez C.
- Roell K.
- Rotroff D.
- de Ruiter J. R.
- Rukawa P.
- Sadacca B.
- Safikhani Z.
- Safitri F.
- Sales-Pardo M.
- Sauer S.
- Schlichting M.
- Seoane J. A.
- Serra J.
- Shang M. -M.
- Sharma A.
- Sharma H.
- Shen Y.
- Shiga M.
- Shin M.
- Shkedy Z.
- Shopsowitz K.
- Sinai S.
- Skola D.
- Smirnov P.
- Soerensen I. F.
- Soerensen P.
- Song J. -H.
- Song S. O.
- Soufan O.
- Spitzmueller A.
- Steipe B.
- Suphavilai C.
- Tamayo S. P.
- Tamborero D.
- Tang J.
- Tanoli Z. -U. -R.
- Tarres-Deulofeu M.
- Tegner J.
- Thommesen L.
- Tonekaboni S. A. M.
- Tran H.
- Troyer E. D.
- Truong A.
- Tsunoda T.
- Turu G.
- Tzeng G. -Y.
- Verbeke L.
- Videla S.
- Vis D.
- Voronkov A.
- Votis K.
- Wang A.
- Wang H. -Q. H.
- Wang P. -W.
- Wang S.
- Wang W.
- Wang X.
- Wang X.
- Wennerberg K.
- Wernisch L.
- Wessels L.
- van Westen G. J. P.
- Westerman B. A.
- White S. R.
- Willighagen E.
- Wurdinger T.
- Xie L.
- Xie S.
- Xu H.
- Yadav B.
- Yau C.
- Yeerna H.
- Yin J. W.
- Yu M.
- Yu M. H.
- Yun S. J.
- Zakharov A.
- Zamichos A.
- Zanin M.
- Zeng L.
- Zenil H.
- Zhang F.
- Zhang P.
- Zhang W.
- Zhao H.
- Zhao L.
- Zheng W.
- Zoufir A.
- Zucknick M.
- Jang I. S.
- Ghazoui Z.
- Ahsen M. E.
- Vogel R.
- Neto E. C.
- Norman T.
- Tang E. K. Y.
- Garnett M. J.
- Veroli G. Y. D.
- Fawell S.
- Stolovitzky G.
- Guinney J.
- Dry J. R.
- Saez-Rodriguez J.
DOIAbstract
The effectiveness of most cancer targeted therapies is short-lived. Tumors often develop resistance that might be overcome with drug combinations. However, the number of possible combinations is vast, necessitating data-driven approaches to find optimal patient-specific treatments. Here we report AstraZeneca's large drug combination dataset, consisting of 11,576 experiments from 910 combinations across 85 molecularly characterized cancer cell lines, and results of a DREAM Challenge to evaluate computational strategies for predicting synergistic drug pairs and biomarkers. 160 teams participated to provide a comprehensive methodological development and benchmarking. Winning methods incorporate prior knowledge of drug-target interactions. Syne...
Add to ORKG