Antimicrobial susceptibility patterns in community-acquired urinary tract infection in the district of Coimbra

Trabalho Final do Mestrado Integrado em Medicina apresentado à Faculdade de MedicinaIntrodução: As infeções do trato urinário são muito frequentes na comunidade. É essencial que se conheça a prevalência dos seus agentes etiológicos e a sua sensibilidade aos antibióticos, para que se possa instituir uma terapêutica empírica racional. O objetivo deste estudo é determinar a frequência e o perfil de suscetibilidade aos antibióticos dos principais microrganismos implicados em infeções urinárias da comunidade, no distrito de Coimbra. Material e métodos: Neste estudo observacional e transversal, procedeu-se à análise dos resultados de 7134 uroculturas positivas, realizadas em laboratórios de ambulatório no distrito de Coimbra, entre 1 de setembro de 2016 e 31 de agosto de 2017. A maioria das uroculturas foi considerada positiva quando o crescimento bacteriano foi superior ou igual a 105 unidades formadoras de colónias por mililitro e a maior parte (81,5%) foi efetuada através do sistema automatizado VITEK® 2, da bioMérieux. Procedeu-se a uma análise descritiva e inferencial para determinar a prevalência e a sensibilidade aos antibióticos dos principais agentes etiológicos e averiguar a relação destas com o sexo e com a idade. Resultados: Das 7134 uroculturas positivas, a maioria (83,4%) foi realizada no sexo feminino e a maior percentagem da amostra (41,0%) pertenceu à população acima dos 75 anos. A E. coli foi o microrganismo mais prevalente (63,9%), em ambos os sexos e em todas as idades, embora a sua frequência tenha sido estatisticamente inferior (p <0,001) no sexo masculino e acima dos 75 anos. A sensibilidade da E. coli à fosfomicina e à nitrofurantoína foi superior a 95% e a sensibilidade à ciprofloxacina e ao cotrimoxazol foi, no geral, inferior a 80%. O padrão global de sensibilidade foi significativamente mais baixo (p <0,001) no sexo masculino e nos mais idosos, relativamente a todos os antibióticos testados. Discussão e conclusão: A fosfomicina e a nitrofurantoína parecem ser antibióticos eficazes para o tratamento de cistites não complicadas, mas a antibioterapia empírica tem maior risco de falhar nas infeções urinárias de idosos e no sexo masculino, onde as resistências foram mais frequentes e a prevalência de E. coli foi menor. Para a otimização da terapêutica empírica de infeções urinárias da comunidade, recomenda-se a monitorização periódica do perfil de sensibilidade aos antibióticos, utilizando preferencialmente metodologias que permitam um conhecimento mais preciso dos padrões de resistência aos antimicrobianos.Background: Urinary tract infections are quite common at the community level. It is crucial to know the prevalence of the causative agents and their antibiotic susceptibility, so that a rational empirical therapy can be established. The aim of this study is to determine the frequency and the pattern of antimicrobial susceptibility of the main bacteria responsible for community-acquired urinary tract infections, in the district of Coimbra. Methods: In this observational and cross-sectional study, we analysed the results of 7134 positive urine cultures, conducted in outpatient laboratories in the district of Coimbra, between 1 September 2016 and 31 August 2017. The majority of the urine cultures was considered to be positive when bacterial growth was at least 105 colony-forming units per millilitre and for the majority of them (81.5%) the laboratories used the automated system VITEK® 2, by bioMérieux. We used descriptive and inferential statistics to determine the prevalence and the antimicrobial susceptibility of the main bacteria and to ascertain whether there were differences associated with sex and age. Results: Out of the 7134 positive urine cultures, the majority of them (83.4%) belonged to females and the larger portion of the sample (41.0%) was from individuals over 75 years old. E. coli was the most prevalent strain (63.9%), in both sexes and in all ages, although its frequency was statistically lower (p <0,001) in males and over 75 years old. The susceptibility of E. coli to fosfomycin and nitrofurantoin was higher than 95% and the susceptibility to ciprofloxacin and trimethoprim/sulfamethoxazole was generally lower than 80%. The general pattern of susceptibility was significantly lower (p