Дизајнирање јединствених смерница за стандардизацију анализе НГС података код пацијената са ретким плућним болестима

Retke plućne bolesti (RPB) su grupa oboljenja koje pojedinačno pogađaju jednog od 2.000 ljudi, sa procenom da oko 80% RPB ima genetičku osnovu. Uprkos varijacijama među RPB u kliničkim karakteristikama i manifestacijama, većina ovih bolesti na sličan način oštećuje pluća, što otežava uspostavljanje dijagnoze. Upotreba NGS tehnologije (engl. Next Generation Sequencing, NGS) u dijagnostičke svrhe omogućava bolje razumevanje genetičke osnove bolesti, međutim, identifikacija i klasifikacija varijanti koje izazivaju bolesti je kompleksna zbog detekcije brojnih VUS varijanti (engl. Variants of uncertain significance, VUS) koje se ne mogu precizno klasifikovati. Glavni cilj ove studije bio je da se dizajnira jedinstveni vodič koji će omogućiti standardizaciju analize novih genetičkih varijanti u genima uzročnicima RPB. Dizajnirane smernice se sastoje od tri glavna koraka: (1) sekvenciranje, detekcija i identifikacija gena/varijanti, (2) klasifikacija varijanti i (3) karakterizacija varijanti korišćenjem in silico strukturne i funkcionalne analize (qRT-PCR i Western blot analiza). Validacija smernica je izvršena analizom varijanti otkrivenih u genu uzročniku i genu kandidatu za RPB, a detektovane VUS varijante su dobile dijagnostički značaj. Primena ovih smernica je rezultirala identifikacijom i klasifikacijom novootkrivenih genetičkih varijanti, kroz analizu na transkripcionom, translacionom i posttranslacionom nivou, i dovela do uspostavljanja precizne dijagnoze bolesti.Ретке плућне болести (РПБ) су група обољења које појединачно погађају једног од 2.000 људи, са проценом да око 80% РПБ има генетичку основу. Упркос варијацијама међу РПБ у клиничким карактеристикама и манифестацијама, већина ових болести на сличан начин оштећује плућа, што отежава успостављање дијагнозе. Употреба НГС технологије (енгл. Next Generation Sequencing, NGS) у дијагностичке сврхе омогућава боље разумевање генетичке основе болести, међутим, идентификација и класификација варијанти које изазивају болести је комплексна због детекције бројних ВУС варијанти (енгл. Variants of uncertain significance, VUS) које се не могу прецизно класификовати. Главни циљ ове студије био је да се дизајнира јединствени водич који ће омогућити стандардизацију анализе нових генетичких варијанти у генима узрочницима РПБ. Дизајниране смернице се састоје од три главна корака: (1) секвенцирање, детекција и идентификација гена/варијанти, (2) класификација варијанти и (3) карактеризација варијанти коришћењем in silico структурне и функционалне анализе (qRT-PCR и Western blot анализа). Валидација смерница је извршена анализом варијанти откривених у гену узрочнику и гену кандидату за РПБ, а детектоване ВУС варијанте су добиле дијагностички значај. Примена ових смерница је резултирала идентификацијом и класификацијом новооткривених генетичких варијанти, кроз анализу на транскрипционом, транслационом и посттранслационом нивоу, и довела до успостављања прецизне дијагнозе болести.Knjiga sažetaka: Treći Kongres biologa Srbije, Zlatibor, Srbija 21 - 25. 9. 2022