Vers une sélection génomique chez les caprins laitiers

La sélection génomique, qui a révolutionné la sélection génétique des bovins laitiers notamment, est désormais envisagée dans d’autres filières animales. Chez les caprins laitiers français, le gain de précision attendu des valeurs génomiques était un des questionnements de la filière en raison de la petite taille de la population de référence disponible (825 mâles et 1945 femelles génotypés sur une puce SNP 50K). Le but de cette étude est de tester différentes techniques d’évaluation génomique afin d’obtenir les évaluations génomiques les plus précises possibles. Une étude de la structure génétique de la population de référence caprine constituée d’animaux de races Saanen et Alpine, a révélé de faibles niveaux de déséquilibre de liaison (0,17 entre deux SNP consécutifs), de consanguinité et de parenté au sein de la population, ce qui n’est pas favorable à une bonne précision des évaluations génomiques. Les méthodes d’évaluations génomiques (GBLUP ou Bayésiennes), basées sur des performances pré-corrigées n’ont pas permis une amélioration significative des précisions des évaluations génomiques pour les caractères évalués en routine (caractères de production, de morphologie et comptages de cellules somatiques). Cependant les évaluations génomiques basées sur les performances propres des femelles ont permis d’obtenir des précisions supérieures à celles obtenues sur ascendance. La sélection génomique est donc envisageable chez les caprins laitiers français. Ces précisions peuvent également être légèrement augmentées par l’inclusion de gènes majeurs tels que celui de la caséine αs1.Genomic selection, which is revolutionizing genetic selection in dairy cattle is now considered in the breeding of other animals. In French dairy goats, gain in accuracy using genomic selection has been questionned due to the small size of the reference population (825 males and 1 945 females genotyped). The aim of this study was to investigate how to reach adequate genomic evaluation accuracy in the French dairy goat population. The study of a reference population structure (Alpine and Saanen breeds) showed that the level of linkage disequilibrium (0.17 between two consecutive SNP), inbreeding and the relationship between the reference and candidate population were not ideal to maximize genomic evaluation accuracy. Two steps genomic evaluation (GBLUP, Bayesian) based on performances corrected for fixed effects did not improve genetic evaluation accuracy compared to classical evaluations for milk production traits, udder type traits and somatic cells scores. When using genomic evaluation directly based on female performances (single step), accuracy of genomic evaluation is higher than the accuracy level obtained from the ascendance. Genomic selection is feasible in French dairy goats. Accuracies could be slightly improved integrating a major gene such as αs1 casein