The first case of laboratory-confirmed dengue virus infection in Mimika, Papua province, Indonesia

<p><strong><em>Abstrak</em></strong></p> <p><strong> </strong></p> <p><strong><em>Latar belakang: </em></strong><em>Dengue merupakan penyakit bersumber vektor yang berkontribusi cukup besar dalam menyebabkan masalah kesehatan baik di negara tropis maupun subtropis. Hingga saat ini virus dengue telah menyebar ke seluruh provinsi di Indonesia sejak pertama kali ditemukan di Surabaya pada tahun 1968. Kabupaten Mimika di propinsi Papua, Indonesia, merupakan daerah non-endemis dengue dan tidak pernah melaporkan munculnya kasus dengue. Walau begitu, pada tahun 2012 ditemukan 13 kasus tersangka dengue yang dirawat di Rumah Sakit Umum di Mimika. Studi ini bertujuan memberi gambaran karakteristik genetik virus dengue dari kasus terkonfirmasi (</em><em>laboratory-confirmed) </em><em>pertama di kabupaten Mimika, propinsi Papua, Indonesia.</em></p> <p><strong><em>Metode: </em></strong><em>Isolasi virus pada sel nyamuk C6/36, RT-PCR dan penentuan serotipe dilakukan untuk mengkonfirmasi adanya virus dengue (DENV) di dalam serum pasien tersangka dengue dari kabupaten Mimika, propinsi Papua, Indonesia. Sekuensing dan analisis pohon filogenetik terhadap </em>complete-coding sequence<em> (CDS) gen E dilakukan terhadap sampel yang telah positif DENV untuk penentuan genotipe virus.</em></p> <p><strong><em>Hasil: </em></strong><em>Sebanyak 4 kasus tersangka dengue terkonfirmasi positif DENV berdasarkan pemeriksaan RT-PCR, sedangkan 2 sampel berhasil dilakukan kultur pada sel C6/36. Hasil penentuan serotipe menunjukkan bahwa virus DENV dari kabupaten Mimika, propinsi Papua, Indonesia, termasuk ke dalam serotipe DENV 3. Analisis CDS gen E menunjukkan DENV 3 termasuk ke dalam genotipe I. </em></p> <p><strong><em>Kesimpulan: </em></strong><em>Studi ini melaporkan kasus pertama dengue yang terkonfirmasi secara laboratorium dari kabupaten Mimika, propinsi Papua, Indonesia, yang merupakan daerah non-endemis dengue.</em></p> <p><strong><em> </em></strong></p> <p><strong><em>Kata Kunci: </em></strong><em>dengue, penentuan serotipe, penentuan genotipe, kabupaten Mimika</em></p> <p><strong> </strong></p> <p><strong> </strong></p> <p><strong>Abstract</strong></p> <p><strong> </strong></p> <p><strong>Background: </strong>Dengue is the most important vector-borne disease that poses serious health problem both in tropical and subtropical countries. Since the first outbreak in Surabaya in 1968, dengue infection has spread in all provinces in Indonesia. Mimika district in Papua province, Indonesia, is a non-endemic dengue area with no laboratory-confirmed case reported. However, until 2012 there were 13 suspected dengue infection admitted to local General Hospital in Mimika district, Papua province, Indonesia. This study described the genetic characteristics of first laboratory-confirmed dengue virus (DENV) infection in Mimika district, Papua province, Indonesia.</p> <p><strong>Methods: </strong>Viral isolation in C6/36 cell line, RT-PCR and serotyping were carried out to confirm the presence of DENV within serum patient of suspected DENV cases from Mimika district, Papua Province, Indonesia. Direct sequencing and phylogenetic analysis of complete coding sequence (CDS) of E gene was performed to the samples that have already confirmed positive DENV for viral genotyping.</p> <p><strong>Results: </strong>Four cases were confirmed to be DENV by RT-PCR while only 2 samples were able to be culture in C6/36 mosquito cell line. Serotyping confirmed that the DENV from Mimika district, Papua province were DENV3 serotype. The genotyping showed that the DENV3 from Mimika district were belonged to genotype I.</p> <p><strong>Conclusion: </strong>This study reported the first laboratory-confirmed of DENV cases in non-endemic dengue area, Mimika district, Papua Province, Indonesia.</p> <p><strong> </strong></p> <p><strong>Keywords</strong>: dengue, serotyping, genotyping, Mimika district<strong> </strong>