METODE ISOLASI DEOXYRIBO NUCLEIC ACID BAKTERI DARI ORGAN IKAN NILA ( Oreochromis niloticus ) UNTUK DIAGNOSA Streptococcociasis DENGAN TEKNIK POLYMERASE CHAIN REACTION

Streptococcus sp. menyebabkan wabah penyakit dan menimbulkan kematian massal pada beberapa jenis ikan di seluruh dunia dengan angka kerugian yang ditimbulkannya berkisar 150 juta US$ per tahun. Streptococcus agalactiae merupakan salah satu bakteri penyebab Streptococcocis pada ikan nila (Oreochromis niloticus). Saat ini diagnosa agen penyebab penyakit bakteri tersebut dapat dilakukan dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) menggunakan pasangan primer spesifik (Sdi252Sdi61), namun pada umumnya ekstraksi dilakukan melalui proses mengisolasi bakteri dari organ terinfeksi, menumbuhkan pada media agar, pemurnian isolat dan terakhir isolasi DNA. Sedangkan isolasi DNA bakteri langsung dari organ yang terinfeksi dapat mempersingkat waktu diagnosa agen penyakit tersebut. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh metode ekstraksi yang dapat mengisolasi DNA bakteri secara langsung dari organ ikan yang terinfeksi (otak, hati, limfa, dan ginjal). Metode yang digunakan adalah pemanasan, ekstraksi DNA secara kimiawi dengan DNAzol reagent dan dengan mini column QIAamp DNA Mini Kit. Dari hasil penelitian menunjukkan bahwa metode pemanasan, DNAzol reagent dan QIAamp DNA Mini Kit masing-masing menghasilkan band positif sebesar 82%, 64%, dan 100%. Limfa dapat digunakan untuk mengisolasi DNA Streptococcus agalactiae secara langsung dengan menggunakan ketiga macam metode ekstraksi, namun QIAamp DNA Mini Kit menghasilkan DNA yang lebih bersih dengan tingkat kemurnian yang tinggi. Isolasi langsung dari organ mempercepat proses identifikasi bakteri