Évaluation et développement de nouveaux outils technologiques en microbiologie clinique

Au cours des dernières années, l’automatisation en bactériologie clinique est devenue très importante du fait de l’augmentation constante du nombre des échantillons. La base de notre travail a été de tester de nouveaux outils technologiques innovants permettant l’ensemencement et la lecture plus précoce des antibiogrammes grâce à des scanners de haute résolution d’images. Le premier scanner Advencis Bio-System Incubator (Advencis, Mutzig, France) a permis de démontrer grâce à la vidéo imaging en temps de réel, qu’il était possible de détecter la présence de carbapénémases ou de Béta-Lactamases à spectre étendu chez les bactéries à Gram-négatif dès 3.5 h d’incubation. Après cette preuve de concept, nous avons testé un autre scanner de haute résolution d’images le Scan® 1200 (Interscience, Saint Nom, France) en vue de réaliser dans un premier temps sa validation de méthode puis d’essayer d’avoir une lecture globale des antibiogrammes après 6h et 8h d’incubation en comparaison avec 20-24h d’incubation le temps de référence. Pour compléter ce travail, une revue a été rédigée dans le but de présenter les nouveaux challenges et les opportunités dans la surveillance et la détection des bactéries multi-résistantes. Dans un second temps, nous avons développé « ANTI-LOGIC » un logiciel d’interprétation automatique des phénotypes basée sur la reconnaissance d’images pour lequel un brevet a été rédigé. Le logiciel est capable de reconnaître en automatique une nouvelle photo d’un antibiogramme, de réaliser son interprétation en automatique et de donner les recommandations thérapeutiques lors de la validation biologique