S-SAP molecular marker-based detection of interspecific variability among grape cultivars

Genetska unutarsortna varijabilnost temelji se na pretpostavci da tijekom vremena dolazi do pojave spontanih mutacija u genomu sorte koje zbog vegetativnog načina razmnožavanja ostaju fiksirane. Svaka informacija o unutarsortnoj varijabilnosti može biti od velike važnosti prije odluke o tome koje trsove zadržati nakon provjere zdravstvenog statusa te može pružiti uvid u homogenost populacije i potencijal klonske selekcije. U ovom istraživanju korišten je sustav markera temeljen na retrotranspozonima – modificirana S-SAP metoda koja je u prijašnjim istraživanjima pokazala potencijal za razlikovanje klonova. Korišten biljni materijal vinove loze sastojao se od 22 primke dviju različitih sorti: Zlatarice blatske bijele i Glavinuše. S-SAP metoda provedena je sa 6 različitih kombinacija početnica. Ovom metodom uspješno su razlikovane obje sorte, a detektirane su i razlike među pojedinim jedinkama. Stupanj polimorfizma, iako analize nisu rađene na certificiranom klonskom materijalu, u skladu je sa sličnim istraživanjima rađenim na certificiranom materijalu. Početnica F100 je detektirala najviše razlika i može se preporučiti u daljnjim istraživanjima. Dobiveni rezultati pružaju smjernice prilikom daljnje propagacije i revitalizacije.Intra-varietal variability is based on the assumption that during the time spontaneous mutations occur in the varieties genome and stay fixed because of vegetative propagation. Any kind of information about intra-varietal variability could be of importance before making a decision which vines to keep after verification of their health status and could provide an insight into homogeneity of the population and into the potential of the clonal selection. In this study a retrotransposon based marker system was used – a modified SSAP method which, in previous studies, showed the potential for differentiating clones. Collected grapevine plant material consisted of 22 accessions representing two Croatian varieties: Zlatarica blatska bijela and Glavinuša. S-SAP method was performed using 6 different primer combinations. This method successfully differentiated both varieties and also detected some clonal differences among tested accessions. Although the analyses were not done on certified clonal material, level of polymorphism was similar to those in similar studies using certified clones. The use of universal retrotransposon primer F100 resulted in most observed polymorphism. Obtained results provide guidelines for further propagation and revitalization