Genomic analysis of a microorganism able to metabolize pollutants at low temperature

Pseudomonas spp. UC7153 \ue8 un ceppo recentemente isolato dal nostro gruppo in seguito ad un studio di biodiversit\ue0 microbica nel ghiacciaio del Madaccio. Analisi chimiche e microbiologiche hanno mostrato una capacit\ue0 del ceppo di degradare fenantrene, pirene ed altri xenobiotici, con buone efficienze a temperature sino a 4 \ub0C. Ai fini di chiarire i meccanismi che permettono la degradazione di xenobiotici a basse temperature e proporre strategie di bioremediation in ambienti freddi, \ue8 stato condotto un sequenziamento completo del ceppo. Il DNA genomico \ue8 stato estratto, frammentato e sequenziato con strumentazione Illumina Hiseq 1000 in modalit\ue0 100 bp in paired ends. Circa 80 milioni di frammenti sono stati prodotti, filtrati per eliminare sequenze di bassa qualit\ue0, e quindi assemblati con software CLC Bio, producendo 123 contigs, per un dimensione genomica totale di 67 Mbp. L\u2019annotazione funzionale del genoma \ue8 stata quindi condotta con il sistema web-based RAST (Rapid Annotation using Subsystem Technology http://rast.nmpdr.org). Una prima annotazione funzionale ha portato all\u2019identificazione di 6221 geni, che sono stati analizzati per identificare sottosistemi e vie metaboliche d\u2019interesse ambientale. In particolare sono state identificate diverse ossigenasi, dealogenasi potenzialmente coinvolte nel metabolismo di xenobiotici clorurati e geni per metallo resistenze, nonch\ue9 geni codificanti per proteine di difesa dallo shock da freddo (cold shock proteins cspA, cspD, cspG). L\u2019informazione genomica \ue8 stata confrontata con quella di altri microorganismi di interesse ambientale gi\ue0 studiata. Si mostrer\ue0 come la disponibilit\ue0 informazioni genomiche complete rappresenti un indubbio vantaggio per l\u2019ideazione, la conduzione e l\u2019interpretazione di esperimenti di bioremediation