Taxonomie et virulence de Vibrio pathogènes de Crassostrea gigas

Le principal objectif de ce travail est l'étude d'un autre groupe de bactéries, le groupe J ; comportant les bactéries Mel 38, Mel 39 et Mel 40 . Dans un premier temps nous avons caractérisé les bactéries du groupe J au niveau taxonomique par des méthodes moléculaires. En effet, les outils biochimiques à notre disposition ne sont plus adaptés pour identifier les espèces de Vibrio marins. Les clés d'identification biochimiques d'Alsina et Blanch [ 9 1 sont dépassées car elles n'incluent pas la vingtaine d'espèces identifiées depuis 2 ans. Nous avons donc abordé l'identification des bactéries du groupe J par des outils de biologie moléculaire et notamment le séquençage de gène d'intérêt phylogénétique. L'appartenance d'une souche à une espèce donnée est définie par un % d'hybridation ADN/ADN supérieur à 70% entre la souche et la souche de référence de l'espèce donnée. Or c'est une méthode longue, fastidieuse et qui nécessite l'emploi de radioactivité. L'étude en phylogénie moléculaire du gène 16S est aussi couramment réalisée pour identifier une souche bactérienne. Cependant, dans le cas des Vibrios splendidus, le gène l6S ne présente souvent pas assez de polymorphisme pour discliminer certaines espèces trop proches (3% de variabilité du polymorphisme alors que c'est aussi le pourcentage d'erreur inttinsèque lors d'un séquençage). De plus, il est présent en plusieurs copies dans le génome et le polymorphisme inter copies, au sein du même génome, peut être aussi important que le polymorphisme entre espèces chez Vibrio splendidus. Depuis peu le laboratoire propose l'étude phylogénétique du gène GyrB comme alternative aux hybridations ADN/ADN pour la caractérisation d'espèces de Vibrios. Le gène GyrB, qui code pour une gyrase (topoisomérase), a une vitesse d'évolution plus rapide ce qui permet une meilleure discrimination entre espèces proches, il n'est présent qu'en une seule copie dans le génome, et ne se transmet pas horizontalement. La seconde paliie de ce travail a consisté à évaluer la virulence de ces souches en infections expérimentales en injectant le groupe de trois souches puis les souches individuelles. Enfin nous avons entamé la caractérisation du mode d'action de ces souches par une étude des possibles facteurs de virulence des bactéries, une description histopathologique des lésions sur l'huître et une analyse en cytométrie en flux des altérations cellulaires