Recherche d'unités de mesure dans les protéines ruban à mesurer

Lors de l'assemblage de la queue d'un bactériophage, une protéine particulière possède la caractéristique de s'étirer, ce qui lui donne un rôle de mesure. Elle est la protéine ruban à mesurer. Les protéines sont codées par des séquences d'ADN et la longueur de la queue du bactériophage est proportionnelle à la taille de la séquence du ruban à mesurer. Comme un vrai ruban à mesurer, les séquences codant ces protéines possèdent des unités répétées. Biologiquement, des séquences répétées sont appelées des duplications en tandem. Ce mémoire a pour objectif d'identifier des duplications en tandem au sein des protéines ruban à mesurer, qui agissent comme unités de mesure. Les outils bioinformatiques actuels traitant ces problèmes sont inutiles dans les cas des séquences ruban à mesurer. Nous avons donc dû étudier ces séquences à l'aide de logiciels de traitement de chaînes de caractères et de programmes Python. Nos recherches nous ont permis de découvrir 9 motifs d'unités de mesure différents. Ces unités de mesure ont été découvertes au sein de 88 familles de bactériophages, soit un total de 256 séquences. Ces séquences proviennent de notre jeu de données initial, mais également des bases de données du NCBI dans lesquelles nous avons effectué un enrichissement de notre ensemble de données.\ud ______________________________________________________________________________ \ud MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Bioinformatique, bactériophage, duplication en tandem, ruban à mesurer, unité de mesure