Les écosystèmes microbiens redécouverts

La notion d'écosystème englobe la communauté d'organismes vivants, les facteurs abiotiques ainsi que le réseau d'interactions qui en découle. De par leur nombre et leur diversité, les micro-organismes dominent la majorité des procédés biochimiques sur terre. L'écologie microbienne, née des travaux de Winogradsky et Hungate, se consacre à la compréhension de ces cycles métaboliques et ces mécanismes d’interaction. L’importance de cette compréhension est à la mesure des grands défis actuels comme la préservation des habitats naturels ou bien la réduction du réchauffement climatique. L’homme s’étant imposé comme un autre acteur d’influence majeur sur l’environnement, d'autres écosystèmes, plus proches de nos préoccupations comme l'agro-alimentaire, la microbiologie industrielle, le domaine de la santé ont pris de l'importance et sont autant de domaines d’application de la démarche écologique. L’ère de l’étude des communautés bactériennes sur une échelle plus large a débuté avec le développement de la biologie moléculaire dans les années 90. D’abord avec des méthodes comme le T-RFLP, le clonage et ensuite la DGGE, les chercheurs ont pu identifier des populations microbiennes sans passer par les milieux de culture. Depuis 2005 et la première application du pyroséquençage à la métagénétique, un coup d’accélérateur a été donné, aboutissant à un florilège de nouvelles technologies comme la métagénomique, la métaprotéomique ou la métabolomique permettant de caractériser les écosystèmes microbiens. Cette dynamique résulte notamment de la prise de conscience de l’importante du microbiote dans la vie de l’homme et de sa santé. Plusieurs exemples de ses nouvelles technologies « omiques » permettront d’illustrer leur apport dans la description et la compréhension des communautés microbiennes, ainsi que l’impact de l’écologie microbienne dans le management de ces écosystèmes par l’homme. L’exposé terminera sur les grandes questions d’actualité de cette science, telles l'intégration des données multiples dans les analyses, l'amélioration et standardisation des protocoles d'étude et la prise en compte de la théorie écologique dans la démarche de recherche