Complexité, sophistication, émergence en biologie

Je vais tenter de dégager des éléments philosophiques pour penser le problème épistémologique de l'émergence à la fois sur le terrain de la biologie expérimentale et sur celui de la biologie théorique. Ainsi s'explique qu'au voisinage de cette notion apparaissent également les concepts de " complexité " et de " sophistication ". Est-il besoin d'ajou- ter que ce dernier terme est une invention d'Henri Atlan, et que c'est autour de son travail que ma réflexion va s'organiser ? Cette mise en relation pourrait sembler artificielle : beaucoup d'expérimentalistes se méfient encore des outils des sciences de l'information et de la biolo- gie théorique. Je voudrais d'abord leur faire remarquer que la naissance même de la biologie moléculaire est directement liée à celle des sciences de l'in- formation. Comment expliquer autrement la persistance au sein du discours, des hypothèses et des pratiques des expérimentalistes, des notions " d'information ", de " code " et de " programme génétique " ? Je voudrais tenter ensuite de faire une distinction entre deux formes d'analogie philosophiques. La première cherche à appliquer un concept issu d'un certain domaine d'activité dans un autre, sans aucune précau- tion. Elle ne peut donc pas dégager de véritables "ressemblances de familles". S'il n'y a de réel point commun entre la chauve-souris et l'oiseau, quoiqu'ils disposent d'ailes l'un et l'autre, il n'y a pas non plus de véritables affinités entre un programme d'ordinateur classique et une cellule vivante. Mais la seconde, consciente des différences entre les deux domai- nes, cherche à opérer entre eux des rapprochements et à tester leur solidité. C'est ainsi que je mettrai en relation dans ce travail, le pro- blème des automates reproducteurs et celui de la réplication de l'ADN en biochimie des origines de la vie. Je tenterai également de comparerle mécanisme de la boîte SOS découvert par Miroslav Radman et le concept de sophistication infinie dégagé par Moshe Koppel et Henri Atlan. Enfin, je m'intéresserai aux ressemblances et aux dissemblances entre les paradoxes sémantiques en logique et les cercles vicieux molé- culaires du vieillissement