Desarrollo de marcadores Microsat\ue9lites y Mitocondriales para estudios de variaci\uf3n gen\ue9tica de Spongospora subterr\ue1nea f sp subterr\ue1nea.

Spongospora subterranea f.sp. subterranea (Sss), agente causal de la sarna polvosa de la papa, es uno de los pat\uf3genos m\ue1s limitantes de este cultivo, al afectar el sistema radicular de las plantas y la calidad de los tub\ue9rculos. Aunque Sss es un pat\uf3geno obligado, puede permanecer latente en los suelos en forma de quistosoros. En la actualidad no existen m\ue9todos de control qu\uedmico, ni variedades comerciales con resistencia a la enfermedad. Por esto, su manejo depende fundamentalmente de la siembra de tub\ue9rculos-semilla certificados en suelos libres de quistosoros. A mediano plazo, es necesaria la generaci\uf3n de materiales de papa resistentes a Sss, para lo que se requiere conocer la estructura poblacional y diversidad gen\ue9tica del pat\uf3geno. En este estudio se evalu\uf3 la presencia de regiones microsat\ue9lites a partir de la pirosecuenciaci\uf3n parcial del genoma de Sss, dise\uf1\ue1ndose cebadores para su amplificaci\uf3n. Similarmente, se obtuvieron cebadores espec\uedficos con base en secuencias del ADN mitocondrial (ADNmit), para su utilizaci\uf3n como herramientas de an\ue1lisis de variaci\uf3n y detecci\uf3n del pat\uf3geno. Luego de las evaluaciones de especificidad y variabilidad entre cepas representantes de los tres tipos de Sss, se seleccionaron cinco pares de cebadores que amplifican microsat\ue9lites con motivos AC, TGA, TGTC, GGTC y CCGTGC, y un amplio rango de repeticiones, as\ued como tres pares de cebadores dirigidos al ADNmit, que generan amplicones con niveles de variaci\uf3n del 4 al 9 % entre los aislamientos estudiados. Estos resultados permitir\ue1n apoyar estudios poblacionales de Sss en el contexto de los programas de mejoramiento gen\ue9tico y certificaci\uf3n del tub\ue9rculo-semilla. ABSTRACT Development of mitochodrial and microsatellite markers for the study of genetic variation of Spongospora subterranea f. sp. subterranea Spongospora subterranea f. sp. subterranea (Sss), the causal agent of powdery scab disease, is one of the most limiting pathogens of potato causing significant damage in both roots and tubers. In spite of being an obligate pathogen, Sss can remain dormant in soils in the form of cystosori. Currently, there is neither effective chemical treatmentfor Sss nor commercial resistant varieties of potato. The best strategy for controlling Sss consists in the use of certified tuber-seed in cystosori-free soils. It is very important to obtain Sss-resistant plants, a strategy th at requires knowledge of the population structure and genetic diversity of the pathog en. In this study, the presence of microsatellite regions was investigated by partial genome pyrosequencing of Sss; specific primers for amplifying these potential markers were de signed. Additional primers targeting mito chondrial DNA were designed as tools for Sss detection and variation studies. After ev aluation of specifity and variability among strains of the three types of Sss, five primer pairs amplifying microsatellites with motives AC, TGA, TGTC, GGTC and CCGTGC, with varying repeats were chosen. Similarly, three primer pairs targeting the mitochondrial DNA resulted in amplicons with variation levels of 4-9 % in the tested Sss isolates. These results will be useful in future population studies of Sss aime d to support both genetic improvement and tuber-seed certification programs