Caracterización molecular de pacientes con síndrome de usher mediante secuenciación Sanger de nueva generación : análisis de expresión de variantes USH1

El síndrome de Usher (USH) es una enfermedad hereditaria autosómica recesiva, caracterizada por la asociación de hipoacusia neurosensorial, retinosis pigmentaria (RP), y en algunas ocasiones, disfunción vestibular. Se considera la forma más común de sordo-ceguera de origen genético, siendo responsable de más del 50% de los individuos sordo-ciegos. Su rango de prevalencia varía entre 3,2-6,2/100000 nacidos vivos. En base a la edad de inicio, gravedad y progresión de los síntomas, el USH puede ser dividido en tres tipos clínicos: USH1, USH2 y USH3, cada uno de los cuales presentan distintos subtipos genéticos. Hasta la fecha, se han identificado 10 genes responsables del USH, 6 para el USH1 (MYO7A, USH1C, CDH23, PCDH15, USH1G y CIB2), 3 para el USH2 (USH2A, GPR98 y DFNB31) y uno para el USH3 (CLRN1). No obstante, se han propuesto una serie de genes como asociados y candidatos a producir la enfermedad, en base a su homología con otras proteínas USH, su interacción en la red de proteínas USH, su implicación en la estructura ciliar o a la identificación de mutaciones supuestamente responsables de la enfermedad o posible efecto modificador del fenotipo. Estos genes son: PDZD7, HARS, VEZT, MYO15A y CEP250. La mayoría de las proteínas codificadas por los genes USH interactúa con al menos otra de ellas en una red proteica, denominada interactoma Usher. Esta red de proteínas se localiza, principalmente, en las células ciliadas del oído interno y en los fotorreceptores de la retina, y es fundamental para el correcto funcionamiento de estas células sensoriales. El principal problema al que se ha enfrentado el diagnóstico molecular para el USH ha sido su gran heterogeneidad genética y el gran tamaño de alguno de sus genes implicados. La búsqueda de mutaciones en esta enfermedad ha ido evolucionando a lo largo del tiempo, desde los rastreos mutacionales exón a exón mediante secuenciación por Sanger, en base a la clínica del paciente, hasta la aplicación de las nuevas tecnologías de secuenciación masiva (NGS). Esto ha permitido la identificación de la causa de la enfermedad en un menor tiempo y coste. Existen diferentes tipos de plataformas de secuenciación masiva que difieren, principalmente, en el tipo de reacciones químicas que llevan a cabo y en el tamaño de las secuencias obtenidas. No obstante, todas ellas se basan en la secuenciación masiva de moléculas de ADN amplificadas de forma paralela, obteniéndose cientos de millones de bases, a un reducido coste por nucleótido y en un menor tiempo. Sin embargo, aunque la NGS presenta un mayor rendimiento diagnóstico al poder procesar todos los exones de manera simultánea, no muestra la sensibilidad alcanzada por la secuenciación convencional. Además, uno de los principales problemas que presenta la NGS son los falsos positivos debidos a un mal alineamiento de las secuencias o por la presencia de homopolímeros, siendo, hasta la fecha, necesarios los estudios complementarios para verificar el cambio detectado mediante otras técnicas de diagnóstico, como secuenciación por Sanger, MLPA, array-CGH o PCR cuantitativa. La búsqueda de mutaciones en pacientes diagnosticados de USH ha permitido, en la mayoría de casos, determinar la causa subyacente a la enfermedad. Sin embargo, en muchos de los cambios identificados como mutaciones missense, silenciosas o intrónicas, desconocemos si afectan al procesamiento del ARN mensajero (ARNm), haciéndose necesarios los estudios funcionales de expresión. Los genes causantes del USH se expresan, principalmente, en las células ciliadas del oído interno y en los fotorreceptores de la retina. Estudios in silico y ensayos mediante minigenes han permitido llevar a cabo el análisis de las variantes, determinando la naturaleza patológica de éstas en el procesamiento del ARNm, dada la inaccesibilidad de los tejidos donde se expresan estos genes. Sin embargo, recientemente, diversos estudios han demostrado la presencia de proteínas y transcritos USH en células epiteliales nasales, haciéndose factibles los análisis de ARN, a partir de muestras obtenidas del propio paciente. Además, en este tejido epitelial ciliar, se ha observado que pacientes USH muestran una ligera disminución de la movilidad ciliar. Actualmente, esta enfermedad no tiene cura. Sin embargo, se están desarrollando distintos tipos de estrategias para mejorar la calidad de vida de los pacientes que la padecen. Éstas van desde audífonos o implantes cocleares para contrarrestar la hipoacusia, hasta el uso de factores neurotróficos, terapia génica o trasplantes de retina para paliar la degeneración de los fotorreceptores en la retina