Intracellular microorganisms infections: biomolecular approach to the diagnosis and the epidemiology

Les techniques biomoléculaires représentent aujourd'hui un outil indispensable pour la recherche en biologie. Nous les avons appliquées à l'étude des microorganismes intracellulaires dans le domaine du diagnostic et de l'épidémiologie.La première partie du travail présente: 1) une analyse comparée des parasites intracellulaires et des endosymbiontes, et leur implication dans la théorie endosymbiogénétique de la cellule eucaryote ; 2) un rappel des techniques biomoléculaires et leur application en microbiologie. La deuxième partie concerne les infections à Chlamydia pneumoniae, une bactérie intracellulaire obligatoire. 1) Nous avons développé un test de FCR multiplex pour le diagnostic rapide et différentiel des infections respiratoires à C pneumoniae et Mycoplasma pneumoniae. 2) Au cours de cette étude, un ADN ribosomal 165 chlamydial atypique a été détecté. L'analyse phylogénétique a permis de le classifier au sein des parachlamydiae, récemment impliquées dans les infections respiratoires. 3) Dans le cadre de l'hypothèse du rôle de C. pneumoniae dans la survenue de l'athérosclérose, nous avons recherché par RT-PCR les ARN bactériens dans les échantillons de tissu athéromateux positifs à la recherche d'ADN, pour vérifier la présence de la bactérie vivante. Cette recherche s'est révélée négative. La troisième partie du travail concerne des études d'épidémiologie moléculaire d'infections virales. 1) Le génotypage par restriction enzymatique du génome a été utilisé pour montrer la stabilité dans le temps des Adenovirus 8 impliqués dans des infections oculaires, et pour éliminer une origine commune à des infections à Adenovirus dans un service de transplantation médullaire. 2) Le séquençage nucléotidique a été appliqué pour étudier la variabilité de séquence du gène de la protéine X et la distribution des génotypes du virus de l'hépatite B chez des patients atteints d'hépatite chronique ou de carcinome hépatocellulaire.At the present time molecular biology is a fundamental tool in the research in biology. We have applied biomolecular techniques to the diagnosis and epidemiology of intracellular microorganisms. The first part of the manuscript present: 1) a comparative analysis of intracellular parasites and endosymbionts, and their involvement in the seriaI endosymbiotic theory on the origin of the eukaryotic cell ; 2) a review of the biomolecular techniques and their applications in microbiology. The second part is devoted to Chlamydia pneumoniae infections. We have developed a multiplex PCR assay for a rapid and differential diagnosis of C. pneumoniae and Mycoplasma pneumoniae respira tory infections. 2) Along with this study, an atypical chlamydial 165 rDNA has been detected, and phylogenetic analyses have indicated that is related to the parachlamydiae, recently associated to respira tory infections. 3) Il has been suggested that C. pneumoniae play a role in the atherosclerosis. We have searched for by RT-FCR chlamydial RNAs in atheromatous tissue speci'mens positive for the chlamydial DNA, in order to evidence viable organisms.This search has resulted negative. The third part focuses on molecular epidemiology of viral infections. 1) We have used the whole genome enzymatic restriction-based genotyping to show the stability in the time for Adenovirus 8 strains from ocular infections, and to reject the possibility of a common source of Adenovirus infections in a bone marrow transplantation unit. 2) We have analysed by nucleotide sequencing the variability of the X gene and the distribution of the genotypes of Hepatitis B Virus strains from chronic hepatitis or hepatocellular carcinoma patients