Virginija je leta 1861 razglasila neodvisnost in se odcepila od ZDA. Lee je prevzel virginijsko milico, ki jo je spremenil v vojsko. S pomočjo Konfederacije držav Amerike, kateri se je pridružila Virginija, so premagali vojsko ZDA pri Manassasu. Leta 1862 je Lee prevzel vojsko severne Virginije in jo popeljal na zmagovalno pot po polotoku Peninsula, kjer je premagal superiorne sile generala Georgea McClellana v sedmih dneh bitk. Zvezno poveljstvo je sprožilo napad na severu, kjer je prišlo do druge bitke pri Manassasu, kjer so zvezne sile izgubile. Lee je sprožil prvo invazijo na sever še istega leta. Napotil se je v Maryland, kjer je skušal prenesti vojno na sovražno ozemlje – ni mu uspelo. V bitki pri Sharpsburgu se je obranil, ampak mora...