以功能演化分析輔助HDAC蛋白的虛擬藥物篩選之研究

[[abstract]]電腦模擬輔助藥物設計(Computer-AidedDrug Design, CADD)是近年來研究與發展新藥的嶄新技術，利用虛擬篩選分子對接這種電腦輔助藥物設計的方法尋找新穎的先導化合物已經成功發展出新藥了。Histone deacetylase (HDAC)是一種與轉錄調控有關的酵素，在調控細胞擴增中扮演相當重要的角色。最近，研究發現抑制 HDAC 可以治療癌症，因此我們選擇 HDAC 蛋白做為標的。一般在做虛擬篩選，會先搜尋ligand所在的主要活性位置，將位置挖空，再從資料庫篩選出適合的化合物填入。然而蛋白的主要活性位置以外的地方，也可能會存在有功能的活性位置。有時這些位置所篩選出來的化合物是很重要的。因此，遺漏這些位置，將可能使相當重要的化合物因而無法尋找出來。在這篇論文裡，首先，我們對 histone deacetylases (HDAC)家族進行演化功能分析以獲得演化功能分歧位置，再以此演化功能分歧位置之蛋白質三維結構進行電腦輔助藥物篩選設計。本研究試圖利用演化分析減少活性位置的遺漏，以開發治療癌症轉移的新先導化合物之設計與優化