Studies of inhibitor’s binding site for coronavirus 3CL proteinase

[[abstract]]本研究是討論如何利用電腦發展的分子結構的應用軟體，與生物科技或分子醫學相關的配合及應用，探討如何利用SARS 冠狀病毒（Coronavirus）複製時所需的主要蛋白酶（main proteinase）1Q2W，與文獻中找到的四種化合物（Compound）AG7088、Fig_4C、Niclosamide與Promazine，及1Q2W解結晶時使用的Ligand用Autodock對虛擬藥物MPD、AG7088、Fig_4C、Niclosamide、Promazine，於MPD結合位置（Binding site ）位置的抑制情形做分析，結果得到Ki，以Ki來說這五個藥物結合狀況都不錯，這部份以Fig_4C為最佳，與Fig_4C是由生物資訊（Bioinformatics）方式取得產生有關，且利用藥物對Ligand結合位置的殘基覆蓋遮蔽的狀況來說，AG7088、Fig_4C有較佳的阻斷性，此結果與兩者取得方式有關，在結合位置作用的Ligand與PRO-108作用為電腦分析所得，之後經過電腦模擬是否與PRO-108有氫鍵作用，則為本研究分析參考判斷之一。利用分析結合位置與抑制劑間作用關係，隨著未來的更完整的分子科學與量子力學等各方面進步下科學，相信在醫療或其他領域下的研發使用會有更迅速的突破