Development of system for analysis and prediction of function for DNA sequences

[[abstract]]隨著人類基因組計畫之進展及阿拉伯芥與水稻等其他物種的解序完成，基因體研究正式邁入後基因體時代。後基因體時代所欲探索之奧秘，不僅僅是基因序列的註解，更重要的是探知基因的功能，進而解開生命之謎。後基因體時代所釋放出之大量基因資訊，如何應用電腦資訊科技來代替傳統之人工資料分析與處理，如資料之儲存、分析、檢索及管理，為一重要的開發工作。 生物資訊學即是利用後基因體時代所釋放出之序列資訊，以電腦科技進行整合之學問，對於生物基因體之研究將有相當大之助益，因此生物資訊學已成為生命科學研究上不可或缺的工具。現今網路提供許多關於基因序列分析、預測及功能性註解等工具，但大多過於分散，無法成為一整合平台來滿足生物實驗室中大量的原始資料(raw data)之分析處理，如何開發一套具有效率之序列分析處理系統，來分析處理生物實驗室中大量的原始資料是本研究之目的。 本研究以Linux fedora core 3為作業系統，利用Perl程式設計語言製作大量定序後原始資料之預處理程式，再透過Perl所製作的程式串連序列比對分析及親緣分析之工具軟體WU-BLAST2.0、Multiple Sequence alignment (T-COFFEE)及PHYLIP，設計成一高效率之分析處理系統，具有刪除vector序列、BLAST、Multiple sequence alignment及親緣樹繪製等功能，能直接擷取原始DNA定序資料，進行運算及推測基因之功能