Selection And Similarity Analysis Of Quartz Specific Dodecapeptides By Phage Display Selection Protocol

Tez (Yüksek Lisans) -- İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2005Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2005Kuartza bağlanan 12 amino asitlik polipeptitlerin PhD-12 faj gösterim kütüphanesinden seçilmesi için, (100) oryantasyonlu kuartz (SiO2) inorganik materyal olarak kullanıldı. 50 tane peptit dizisi, 5 round sonunda seçildi. Bütün peptid dizileri, dizi ve amino asit bazında analiz edilerek herhangi bir eğilim olup olmadığına bakıldı. Sonuç olarak, hidrofobik amino asitlere sahip peptitler roundlar boyunca daha fazla seçiliyorlardı. Herbir dizinin kuartza bağlanma dereceleri, Leica-florasan mikroskop kullanılarak yapılan bağlanma deneyleri ile test edildi. Bütün diziler, iyi, orta ve zayıf bağlananlar olmak üzere 3 gruba ayrıldılar. Yapılan gruplamanın doğrulanması için, BLOSUM62 ve PAM250 matrisleri kullanılarak elde edilen programlama teknikleri kullanıldı ve benzerlik skorları hesaplandı. Sonuç olarak iyi bağlananlar arasındaki benzerlik skorlarının, zayıf bağlananlar arasındaki benzerlik skorlarına göre daha yüksek olduğu ortaya çıktı. Paladyum kullanılarak yapılan bağlanma deneyleri ile herbir dizinin spesifikliği test edildi. Kuartza bağlanan dizilerden sadece çok az bir kısmı aynı zamanda paladyuma da bağlanma göstererek, seçilen dizilerin çoğunluğunun yüksek spesifikliğe sahip olduğunu gösterdi. (001) oryantasyonlu yüzeye sahip kuartz kullanılarak seçilen yeni diziler (100) oryantasyonlu kuartz için seçilen dizilerle karşılaştırıldı. DS202 dizisi ticari olarak ürettirildi ve silika oluşturma deneylerinde kullanıldı. Silisik asit çözeltisine katılan peptit, silika oluşmasına yol açarken, peptitin eklenmediği tüpte hiçbir silika oluşumu gözlenmedi.(100) oriented single crystal quartz (SiO2) was used as substrate for the selection of 12-aminoacid polypeptides from PhD-12 phage display library. 5 biopanning rounds were carried out to obtain 50 sequences. All the sequences were analyzed on sequence and amino acid base to search for any trend along the sequences. The sequences with hydrophobic amino acids were being selected through the rounds. Leica-fluorescence microscopy was used to test the binding affinities of each sequence and grouping the sequences mainly as good, moderate or weak binders. To verify the grouping of the sequences, the similarity score analysis was made by using a dynamic programmic method using BLOSUM62 and PAM250 scoring matrices. The self-similarity scores of peptides for inorganics are relatively higher between the strong binders while it is very low between the weak binders. Cross specificity experiments were carried out by using palladium as the substrate. Very few of the binders had also affinity for Palladium. (001) oriented single crystal quartz pieces were used for another phage display experiment. The selected sequences were compared with the sequences for (100) oriented quartz. DS202 was synthesized commercially and used for silica formation experiments. The results showed that in the presence of quartz binder, silica nanospheres were formed in silicic acid solution while in the absence of peptide there was no formation of silica.Yüksek LisansM.Sc