Microorganism Identification Within Biofilm By Using 16s Rdna Cloning Method

Thesis (M.Sc.) -- İstanbul Technical University, Institute of Science and Technology, 2008Bu çalışmanın amacı çamaşır makinesinde 16s rRNA genini hedef alarak Polimeraz Zincirleme Reaksiyonu (PZR) yöntemi klonlama ve sekanslama ile bakteriyel çeşitliliği araştırmaktır. PZR ve 16s rDNA klonlama yöntemi çevresel numunelerden mikroorganizmaların tanımlanmasını kolaylaştırmıştır. Bu çalışmada çamaşır makinesinin 6 farklı bölgesinden alınan numuneler üzerinden mikrobik birim tanımlanmıştır ve genomik DNA izolasyonu kültür yöntemi kullanılmadan gerçekleştirilmiştir. Her örnek nemlilik, havalandırma, sürtünme faktörleriyle diğerlerinden farklı çevresel koşullara sahiptir. Çalışmada kullanılan metod 16s rRNA geninin bir parçasının PZR yöntemi ile amplifikasyonuna ve klonlama vektörüne aktarılmasına dayanmaktadır. Çalışma neticesinde her örneğin diğerleri ile benzer noktalara sahip olmaları ile birlikte farklı mikrobik yoğunluğa sahip olduğu anlaşılmıştır.The purpose of this study was to examine the bacterial diversity within washing machine by polymerase chain reaction (PCR) targeting the 16S ribosomal RNA (rRNA) gene, followed by cloning and sequencing. Polymerase Chain Reaction and 16s Ribosomal DNA cloning have facilitated the detection of microorganisms from environmental samples. In this study, microbial community was identified from six different regions of washing machine and genomic DNA isolation was achieved without any cultivation. Each sample was collected from different parts of the sytem which differs from others by environmental factors such as humidity, aeration and shearing effects. Our results suggest that each sample appears to contain different microbial communities with some similarities.Yüksek LisansM.Sc