Farmacogenómica de la azatioprina en pacientes con enfermedad inflamatoria intestinal

Los estudios farmacognémicos del tratamiento con azatioprina (AZA) en la Enfermedad Inflamatoria Intestinal (EII) se han centrado principalmente en los genes de la Tiopurin S-metiltransferasa (TPMT) y pirofosfatasa inosina trifosfato (ITPA). Sin embargo, las mutaciones en estos genes pueden explicar sólo un pequeño porcentage de la gran variabilidad en la respuesta a este fármaco. El propósito de este estudio fue identificar nuevas variantes genéticas que subyacen a las considerables diferencias individuales en cuanto a eficacia y toxicidad del tratamiento con AZA. En una primera fase del estudio se realizó un análisis de asociación de genoma completo (GWAS) en 232 individuos no relacionados tratados con AZA recogidos por el EIGA (Grupo gallego de la enfermedad inflamatoria intestinal), en cuatro hospitales de Galicia. Todos los sujetos fueron diagnosticados y sometidos a seguimiento clínico según un protocolo unificado con el fin de evaluar la efectividad del tratamiento y la aparición de efectos adversos. En el estudio de eficacia, los pacientes fueron clasificados como casos si tenían una respuesta clínica a la AZA, y como control en caso de que no la hubiera. En el estudio de toxicidad, los pacientes fueron clasificados como casos si tuvieran efectos secundarios relacionados con AZA y como controles, si no es así. El genotipado de las muestras para el análisis de GWAS se realizó mediante el kit de Affymetrix GeneChip Human 20K cSNP, que contiene aproximadamente 20.000 SNPs que provocan cambio de aminoácido y que representan a más de 10.000 genes. Para identificar SNPs significativamente asociados con la eficacia y la toxicidad relacionada con el tratamiento AZA se realizó un análisis de asociación mediante la comparación de las frecuencias de alelos y genotipos entre casos y controles según los distintos modelos de ajuste y el posible efecto de algunas covariables clínicas o fenotípicas. Todos los análisis de control de calidad y de asociación se realizaron utilizando el paquete de software Plink. Tras una depuración de datos y control de calidad (tasa de genotipado más del 90%, HWE> 0.001, MAF> 0,010), se optó por un conjunto de SNPs con valores de probabilidad de clasificación entre <10-5 y 10-3 (prueba exacta de Fisher) en el estudio de asociación para las cuatro categorías principales de nuestro análisis: la eficacia, el desarrollo de efectos secundarios y en los efectos secundarios, pancreatitis y mielosupresión. Un total de 106 SNPs fueron seleccionados a partir del análisis GWAS, relacionados con diversos procesos biológicos, tales como la reparación del ADN, los factores de transcripción, y el metabolismo basal, entre otros, para realizar una segunda fase de validación de resultados del estudio. Cómo población de estudio en esta réplica se emplearon 264 individuos con EII procedentes de la colección ENEIDA (Estudio Nacional en Enfermedad Inflamatoria Intestinal sobre Determinantes Genéticos y Ambientales), procedentes de Madrid y Cataluña. Con los resultados del genotipado de los 106 SNPS mediante espectrometría de masas MALDI-TOF se realizó una prueba de asociación y adicionalmente se estimó la probabilidad conjunta uniendo la información de las dos cohortes de pacientes mediante el estadístico CMH. Respecto a los adeversos adversos del tratamiento con AZA, aunque ninguno de los SNPs estudiados alcanzan el nivel de significación estipulado al hacer corrección por test múltiples (5x10-4, bonferroni para 92 test), al evaluar la probabilidad conjunta (CMH) puede apreciarse algunos SNPs que logran obtener un valor significativo (p<0.0005), y con OR en la misma tendencia al estudio inicial. No obstante, en muchos casos esta significación en el CMH se debe al impulso dado por el valor de p en la población inicial. El tamaño muestral parece insuficiente para los efectos que se pretenden detectar. Por otro lado parece descartarse la existencia de uno o pocos loci con gran efecto sobre el fenotipo. Los genes TPMT e ITPA presentan escasa significación en relación con la aparición de efectos secundarios o eficacia. Únicamente se ha detectado una relación significativa con la mielosupresión, que se pierde en la réplica pero que mantiene una probabilidad conjunta significativa. En relación a la evaluación de la eficacia tres genes muestran resultados significativos. Dos SNPs presentan probabilidades conjuntas en el rango de significación así como unas p en la réplica inferior o alrededor de 0.05 (p≤0.10): uno en el gen PION y otro asociado a un gen codificante de una proteína del tipo dedos de Zinc, el factor de transcripción ZNF673. Estos marcadores mostraron una p conjunta de 4.26x-06 y 1.80x-04, respectivamente, con unos OR en la misma dirección de lo presentado tanto en el estudio original como en la réplica. El tercero corresponde a un SNP que se ubica en el gen ZNF138, que presenta una p al análisis conjunto (CMH) de 5.1x10-5 y un valor de p en la réplica