Méthodes statistiques pour la détection de QTL : Nouveaux développements et application chez le canard Mulard

La recherche de QTL par régression des phénotypes sur les probabilités de transmission (modèle Haley-Knott) est une méthode très largement utilisée quand on dispose de grandes familles phénotypées par des caractères gaussiens. L’objectif de cette thèse d’un point de vue méthodologique, est de proposer une méthode de détection de QTL qui prend en compte des effectifs de familles petits d’une part, et l’existence de caractères discrets d’autre part. Ainsi, nous proposons, pour répondre à la première question, une approche de détection de QTL intégrant dans le calcul du mérite génétique des individus marqués, les performances calculées sur n générations de descendants. L’obtention d’un mérite génétique dérégressé comme substitut de phénotypes, proposé notamment par Weller et al (1990) et Tribout et al (2008), est donc généralisée. Ensuite, sont présentés les résultats de comparaisonsd’un modèle supposant la normalité des données à un modèle à seuils faisant l’hypothèse d’une distribution continue sous jacente à la distribution observée dans la détection de QTL des caractères discrets. Nous démontrons ici que le modèle discret est plus précis et plus puissant quand le caractère étudié possède trois modalités distribuées de façon déséquilibrée dans la population. Dans la deuxième partie de la thèse, l’analyse des données du protocole GENECAN a été réalisée. Il s’agit d’identifier les régions du génome ou locus à caractère quantitatif (QTL), associées à des caractères d’intérêt mesurés sur des canards mulards gavés. Le canard mulard est un hybride interspécifique obtenu par croisement d’une cane commune (Anas platyrhynchos) et d’un canard de Barbarie (Cairina moschata). Trois cents quarante deux canes communes conçues en backcross (BC) ont été générées par croisement d’une lignée de canard Kaiya et d’une lignée de canard Pékin lourd. Ces femelles BC ont été accouplées avec des canards de Barbarie pour produire 1600 canards mulards sur lesquels sont effectuées des mesures de croissance, de métabolisme au cours de la période de croissance et du gavage, d’aptitude au gavage et de qualités du magret et du foie gras. La valeur phénotypique des femelles BC marquées a été estimée, pour chaque caractère, comme étant la valeur moyenne des phénotypes de sa progéniture et pondérée par un coefficient de détermination (CD) fonction du nombre de descendants et del’héritabilité du caractère étudié. Une carte génétique de 91 marqueurs microsatellites réparties sur 16 groupes de liaison (GL) et couvrant un total de 778cM a été utilisée. Dans le cadre de l’analyse uni-caractère, vingt-deux QTL significatifs à 1% au niveau du chromosome ont été cartographiés. Ces QTLs sont pour la plupart impliqués dans la variabilité de la qualité du magret et du foie gras. Les zones chromosomiques d’intérêt, identifiées dans le cadre de cette étude devront dans le futur, être densifiées en marqueurs pour faire l’objet d’une cartographie fine