MIAE : collection de référence dédiée aux microorganismes d’intérêt agro-environnemental

La collection de Microorganismes d’Intérêt Agro-Environnemental (MIAE), centre INRA de Dijon, possède actuellement 15 000 souches d'origine tellurique microbiennes qu'il est indispensable de préserver et de gérer au mieux. Ce sont : - des bactéries impliquées dans i) la nutrition azotée des plantes (parmi lesquelles 4 500 Rhizobium, ii) la croissance et la santé des plantes (dont 3 000 Pseudomonas ), iii) la dépollution de l'environnement sol, eau, ou atmosphère, et des bactéries appartenant à des groupes de pathogènes humains et animaux. - des champignons i) saprotrophes impliqués dans le fonctionnement biologique des sols, ii) bénéfiques possédant une activité antagoniste vis-à-vis d'agents pathogènes et pouvant être utilisés en lutte biologique, iii) phytopathogènes (parmi lesquels 5 000 Fusarium, 200 Rhizoctonia …) pouvant causer des dommages à de nombreuses cultures et des oomycètes. - des levures d’origine tellurique (300) et constituant des indicateurs de la qualité des sols. La plupart de ces souches sont identifiées sur la base de critères morphologiques et d'activités spécifiques. La collection est régulièrement enrichie de nouveaux isolats (>100 souches/an). L’ensemble de ces ressources microbiennes était géré au travers de collections dispersées. Leur regroupement récent, au sein d’une collection structurée, permet i) une mutualisation des moyens nécessaires à la préservation/identification de cette biodiversité, ii) une meilleure visibilité au niveau national/international. Différentes études sont menées afin de parvenir à l’utilisation de protocoles de conservation à long terme optimaux pour certains groupes (Rhizobium, Rhizoctonia, oomycètes) en garantissant au maximum leur viabilité et leur stabilité génétique. Un autre axe d’études est constitué par la recherche de méthodes d’identification moléculaire et/ou morphologique les plus précises possibles. Les connaissances ainsi collectées deviennent disponibles, échangeables et valorisables via un portail internet (http://www2.dijon.inra.fr/umrmse/spip.php?rubrique21) ouvert à l’ensemble de la communauté scientifique. Une base de données informatisée unique est en cours de création, elle concernera dans un premier temps les 4 000 souches de la collection ouverte. Une des priorités de la collection MIAE est de satisfaire, dans les 2 ans à venir, aux exigences de la certification NF EN ISO9001 v2000, afin d’assurer la traçabilité de l’acquisition, la conservation, l’identification et la distribution des souches, préalable à l'obtention de la certification NF S 96-900 relative au système de management d'un Centre de Ressources Biologiques (CRB)