Avancées récentes en génomique des canards

Avec la démocratisation des outils de la génomique et plus particulièrement du séquençage à haut débit, la séquence du génome du canard commun a été réalisée et va bientôt être publiée. Cependant, bien que ce soit une étape importante et un tournant dans les connaissances de la biologie de cette espèce, des projets complémentaires sont nécessaires et pour beaucoup déjà initiés : recherche de SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pour les études et gestion de populations ; cartes d’hybrides irradiés pour ordonner la séquence le long des chromosomes ; carte génétique pour la détection des QTL (Quantitative Trait Locus) ; séquençage de transcrits pour l’annotation structurelle et fonctionnelle du génome. La première détection de QTL influençant les performances du mulard, réalisée à l’aide de marqueurs microsatellites chez la cane commune, sera complétée par une seconde étude utilisant des marqueurs SNP développés spécifiquement et permettant une bien meilleure couverture du génome. Les modèles de transcrits et de protéines construits grâce à la séquence faciliteront les études en protéomique et transcriptomique : identification de protéines, mise au point de marqueurs pour la qRT-PCR ou tout simplement existence d’un génome de référence pour l’approche par RNASeq. Le canard mulard, d’intérêt agronomique, étant le produit du croisement du canard commun avec le canard de Barbarie, devra également être étudié.As the genomics becomes commonplace and sequencing throughputs increase, the duck genome sequence will be soon published. However, although this is an important step and will increase drastically knowledge on the biology of this species, complementary projects are needed, some of which initiated: SNP (Single Nucleotide Polymorphism) detection for population studies and management; radiation hybrid maps for orderingthe sequence along chromosomes; genetic maps for QTL (Quantitative Trait Locus) detection; transcript sequencing for structural and functional annotation. The first QTL detection for traits influencing the performances of the mule duck, performed using microsatellite markers in the common duck, will be completed by a second study using specifically designed SNP, allowing for an improved coverage of the genome. Transcript and protein models constructed from the sequences will facilitate proteomics and transcriptomics studies: protein identification, primer design for qRT-PCR ou using a reference genome for RNA-Seq approaches. The mule duck, of agronomic interest, the product of a cross between the common duck and the Muskovy duck will also have to be studied