Génétique de l’adaptation des bovins à leur environnement : apport des données génomiques

L’origine de la grande diversité actuelle de l'espèce bovine est intimement liée à l’histoire des peuplements humains depuis les premiers événements de domestication. Si les nouveaux outils génomiques (puces de génotypage de SNP à moyenne et haute densité, séquençage à haut-débit) aident à retracer cette histoire complexe, à travers la caractérisation génétique fine des races actuelles, ils permettent également d'identifier dans le génome de ces races les empreintes laissées par les contraintes exercées par l'homme (pressions de sélection artificielle) et plus généralement par l'environnement (pressions de sélection naturelle). [br/] Après un bref état des lieux des connaissances actuelles sur les origines probables de la diversité observée dans l'espèce bovine, présentant la caractérisation de la diversité génétique neutre des races bovines, nous proposons d'illustrer dans cet article l’étude des traces de sélections naturelle et artificielle dans le génome à partir d'exemple de travaux menés sur les races bovines tropicales africaines et du nouveau monde, et sur les races laitières hautes productrices françaises.The origin of the currently observed cattle species diversity is intimately related to human population history since first domestication events. While new genomic tools (medium to high density SNP chips, next generation sequencing) provide insights into this complex history through the genetic characterisation of cattle breeds, they also allow identifying footprints left in their genome by human (artificial selection pressures) and more generally by environmental constraints (natural selection pressures). [br/] After a brief report on current knowledge of possible origins of cattle diversity, based on the characterization of cattle breeds neutral genetic diversity, we illustrate, in this article, studies of natural and artificial selection footprints in bovine genome from analyses carried out in African and New World tropical cattle breeds and in high-producing dairy cattle