Santé et adaptation du haricot commun Phaseolus vulgaris L

L'agriculture intensive et industrielle a progressivement pris le pas sur les pratiques paysannes au cours du 20e siècle. Les pratiques agricoles sont aujourd'hui dictées par les entreprises d'agrofournitures en amont de la filières pour répondre aux exigences des industries agroalimentaires situées en aval. Les conséquences environnementales et sociales d'un tel modèle sont alarmantes. Cette agriculture repose sur l'utilisation de variétés standardisées. Or, ces variétés nécessitent une utilisation massive d'intrants chimiques et ne sont pas adaptées aux conditions de culture biologique. Face à ce constat, et dans un objectif d'autonomie vis-à-vis de la production de semences et de relocalisation de l'agriculture, des agriculteurs ont repris en main le devenir de leurs semences. Les travaux synthétisés dans ce mémoire s'inscrivent dans un projet de recherche sur le haricot. Il a pour ambition d'explorer les approches de la santé des plantes afin de faire valoir une conception qui vise la salutogénèse plutôt qu'une éradication totale des maladies. Cette approche se base sur des mécanismes d'adaptation reposant sur les interactions [plante*environnement] et la grande variabilité génétique au sein des populations cultivées. Ces travaux impliquent également une réflexion sur la cohérence de la régulation sanitaire en vigueur concernant la graisse bactérienne du haricot dans le cadre de la production de semences. Plus précisément, l'objectif de ce stage est donc de tester les capacités d'adaptation du haricot à son environnement. Quatre variétés paysannes, 'Roi des Belges', 'Flageolet Chevrier', 'Saint-Esprit' et 'Rognon de coq', et une variété commerciale, 'Calima', sont étudiées. Elles ont été cultivées 3 années dans 3 sites différents (Bretagne, Aquitaine et Luxembourg), chaque situation géographique donnant lieu à autant de versions différentes pour une même variété. En 2015, l'ensemble des versions de chaque variété sont semées et comparées dans un même essai. Plusieurs critères phénotypiques sont mesurés et l'hypothèse d'adaptation est vérifiée si des différences sont observées entre les versions d'une même variété. Les différents critères portent sur la croissance des plantes (longueur des feuilles, date de floraison, etc.), le rendement (nombre de gousses, production de grains, etc.) et la sévérité des symptômes de graisse et de viroses. Les capacités d'adaptation ont été confirmées pour les variétés Rognon de Coq, Saint-Esprit et Flageolet Chevrier. Des différences ont été mise en évidence pour la date de floraison, la longueur des feuilles, et, pour la variété Rognon de Coq, la sévérité des symptômes de viroses et de graisse. Dans la majorité des situations, la version cultivée trois ans au Luxembourg est celle qui se distingue des autres. La variété Rognon de coq, qui présente la plus grande diversité génétique, est également celle qui présente les plus grandes capacités d'adaptation. La variété 'Roi des Belges montre peu de signe d'adaptation mais elle a été sélectionnée dans un site où la pression sélective est très forte, ce qui peut entrainer par la suite une évolution plus lente. Dans le cas de la variété Calima, les versions cultivées dans les différents sites se distinguent également de la version d'origine pour quelques critères, mais l'étude est biaisée par un traitement des semences du lot originale. On ne peut donc pas conclure quant à l'adaptation éventuelle de cette variété. Au-delà de l'adaptation génétique, l'adaptation des plantes à un nouvel environnement s'expliquerait également par des phénomènes épigénétique et par l'action des micro-organismes du sol