Interactions du VIH-1 avec ses cellules cibles : recherche de nouveaux réservoirs et analyse du contrôle de la latence

The identification of HIV cellular reservoirs and the understanding of the molecular mechanisms involved in the maintenance and reactivation of HIV latency are crucial to elaborate an efficient strategy to eliminate HIV from the body. My thesis project focused, on one hand, on the susceptibility of adipose tissue to HIV infection and its potential role as a new target tissue, and on the other hand, on the search for cellular candidates genes involved in the control of HIV latency.Firstly, we would like to determine whether the low viral production observed after infection of human adipose cells with HIV was due to low infection or replication efficiency. We showed that infection with viral particles pseudotyped with X4 and R5 envelope is restricted due to insufficient viral receptor co-expression levels in preadipocytes. These results suggested that adipose tissue is not a preferential target for HIV in vivo and could not be considered as a new reservoir for the virus.Secondly, we analysed differential gene expression on two HIV latently infected cell lines stimulated or not for the reactivation of latency by an histone deacetylase inhibitor. Analysis of microarrays data led us to select two candidate genes: NCoA3 and IRF8. We confirmed their differential expression at the transcriptional and translational levels and we analysed their functional role on HIV transcription. These results led us to postulate that NCoA3 and IRF8 could be involved respectively in the reactivation and maintenance of HIV latency.L'identification des réservoirs cellulaires du VIH ainsi que la compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans le maintien et la réactivation de la latence sont essentiels afin d'élaborer une stratégie efficace pour éliminer le virus de l'organisme. Mon travail de thèse a porté d'une part, sur l'étude de l'infection du tissu adipeux par le VIH et son rôle potentiel comme nouveau tissu cible, et d'autre part, sur la recherche de gènes cellulaires candidats impliqués dans le contrôle de la latence du VIH.Dans un premier temps, nous avons voulu déterminer si la faible production virale obtenue après infection des préadipocytes par le VIH est due à une faible efficacité d'infection ou de réplication. Nous avons montré que l'infection par les virus pseudotypés avec des glycoprotéines d'enveloppe de tropisme X4 et R5 est restreinte en raison d'une co-expression insuffisante des récepteurs viraux à la surface des préadipocytes. Cela suggère que le tissu adipeux n'est pas une cible privilégiée pour le virus in vivo et ne peut donc être considéré comme un nouveau réservoir pour le VIH.Dans un deuxième temps, nous avons analysé le transcriptome différentiel de lignées cellulaires infectées de façon latente par le VIH et stimulées ou non pour la réactivation de la latence par un inhibiteur d'histone déacétylase. Parmi les gènes caractérisés, deux nous ont paru particulièrement intéressants : NCoA3 et IRF8. Après avoir confirmé les modifications de l'expression de ces gènes, nous avons analysé leurs rôles fonctionnels sur la transcription du VIH. Les facteurs NCoA3 et IRF8 pourraient respectivement être impliqués dans la réactivation et le maintien de la latence virale