Apport de l'épidémiologie dans le choix des outils d'aide à la prise de décision sanitaire en santé animale : evaluation des tests de dépistage en santé animale

Knowing the efficacy of a diagnostic tool, whether it is a test used alone, a sequence of several tests or a group of clinical criteria, is essential to study and choose decision strategies. The validation of diagnostic and screening tests is thus necessary to conceive decision schemes. When a gold standard is available, the characteristics of a test can be estimated directly. However, the true individual disease status of the animals is often unknown, particularly in absence of a gold standard or when the gold standard cannot be used because of economical, practical or ethical constraints. In these cases, specific statistical methods like latent class models implemented through a Bayesian approach must be used. Our work aimed at estimating the uncertainty due to the use of diagnostic tests as decision tools. The first chapter presents the issues and practical details of the struggle against animal disease and the epidemiological tools available to estimate the characteristics of the tests and to compare them. In the three following chapters, these methods are applied to three different contexts in which the conception and the evaluation of decision tools are needed: the screening of porcine brucellosis in breeding hogs, the screening of Brucella ovis infection in exported rams and the screening of bovine tuberculosis in Côte d’Or, Dordogne and Camargue (France). The last chapter consists in a global discussion about how to choose a decision tool.L’étude et le choix des stratégies décisionnelles en santé animale nécessite de disposer d’informations sur l’efficacité des outils disponibles, qu’il s’agisse d’un test unique, d’une association de plusieurs tests ou d’un ensemble de critères cliniques et épidémiologiques. La validation des tests de dépistage ou de diagnostic constitue donc un prérequis à la conception de protocoles d’aide à la prise de décisions sanitaires. Lorsqu’il existe une référence fournissant une information sur le statut infectieux des individus étudiés, l’estimation des caractéristiques des tests peut être effectuée de manière directe. En santé animale, il est toutefois fréquent de ne pas disposer de cette information, lorsqu’aucun test ne référence n’est disponible ou lorsqu’il n’a pas pu être mis en œuvre, pour des raisons pratiques, économiques ou éthiques. Dans ce cas, l’étude des tests requiert l’utilisation de méthodes statistiques adaptées, telles l’utilisation de modèles à classe latente implémentés par une approche bayésienne. Nous avons choisi, au cours de nos travaux, de nous intéresser à l’estimation de la part d’incertitude liée à l’utilisation de tests en tant qu’outils d’aide à la prise de décision. Nous exposons dans un premier chapitre les enjeux et les modalités de la lutte contre les maladies animales, les outils épidémiologiques disponibles pour l’élaboration de stratégies décisionnelles et les méthodes permettant l’évaluation de ces outils et leur comparaison. Les trois chapitres suivants constituent une application de ces méthodes, dans des contextes différents correspondant à trois types de situations dans lesquelles il existe un besoin d’aide à la décision sanitaire en santé animale : le dépistage de la brucellose porcine chez les porcs reproducteurs, le dépistage de l’épididymite contagieuse du bélier chez les béliers destinés à l’export et le dépistage de la tuberculose bovine dans les départements de Côte d’Or et de Dordogne et dans la région camarguaise. Le dernier chapitre de ce manuscrit consiste en une discussion générale sur les modalités de choix d’un outil d’aide à la décision sanitaire