Komposisi Nuklotida Sekuen Gen rbcL pada Kappaphycus alvarezii yang dibudidaya di Jawa Timur

Kappaphycus alvarezii seaweed is an important fishery commodity in Indonesia because it contains carrageenan, an important main ingredient in various industries. Research on the genetic characterization of seaweed in Indonesia is important as a source of information and genetic data needed to develop aquaculture practices such as breeding programs. Therefore, this study was conducted to determine the nucleotide composition of the rbcL gene sequence in Kappaphycus alvarezii as part of a genetic characterization study of Kappaphycus alvarezii seaweed in East Java. This study used five samples taken in Banyuwangi, Situbondo and Sumenep and compared them with the Kappaphycus alvarezii seaweed database at GenBank. The method used was the PCR method, and the primer pairs used were F-577 5'-GTATATGAAGGTCTAAAAGGTGG-3' and R-753 5'-GCTCTTTCATACATATCTTCC-3'. Based on research, primers F-577 and R-753 succeeded in amplifying the rbcL gene in Kappaphycus alvarezii samples in a partial manner with a length of 295 – 299 bp. The DNA sequence results of the sample have a similarity of 100% to the database in GeneBank. Nucleotide composition analysis shows the existence of genetic variations in the DNA sequences studied.Rumput laut Kappaphycus alvarezii merupakan komoditas perikanan penting di Indonesia karena mengandung karaginan yang merupakan bahan utama penting dalam berbagai industri. Penelitian tentang karakterisasi genetik rumput laut di Indonesia penting sebagai sumber informasi dan data genetik yang dibutuhkan untuk mengembangkan praktik akuakultur seperti program pemuliaan. Oleh karena itu penelitian ini dilakukan untuk mengetahui komposisi nukleotida sekuens gen rbcL pada Kappaphycus alvarezii sebagai bagian dari studi karakterisasi genetik rumput laut Kappaphycus alvarezii di Jawa Timur. Penelitian ini menggunakan lima sampel yang diambil di Banyuwangi, Situbondo dan Sumenep dan dibandingkan dengan database rumput laut Kappaphycus alvarezii di GenBank. Metode yang digunakan adalah metode PCR, dan pasangan primer yang digunakan adalah F-577 5'-GTATATGAAGGTCTAAAAGGTGG-3' dan R-753 5'-GCTCTTTCATACATATCTTCC-3'. Hasil penelitian menunjukkan bahwa rata-rata komposisi basa nukleotida gen rbcL kelima sampel Kappaphycus alvarezii dengan panjang fragmen antara 295 – 299 adalah T/U= 32,54%, C= 13,39%, A= 35,06%, G= 19,00%, sedangkan komposisi nukleotida rata-rata A+T= 67,6% dan komposisi nukleotida rata-rata C+G= 32,29