Prospective study to investigate the etiologies of severe community pneumonia at the Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo

Introdução: A pneumonia adquirida na comunidade (PAC) é a principal causa de hospitalização nos Estados Unidos e a terceira principal causa de morte no Brasil. O padrão-ouro para diagnosticar a etiologia da PAC inclui cultura de sangue, escarro corado pelo método de Gram e cultura de escarro. No entanto, esses métodos possuem baixa sensibilidade. A etiologia da PAC no Brasil é ignorada há muitos anos. A escolha empírica de antimicrobianos é recomendada pelas diretrizes nacionais que é baseada principalmente nas diretrizes da IDSA. Objetivos: Primário: Identificar os principais agentes etiológicos causadores de pneumonia adquirida na comunidade de pacientes internados no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de São Paulo. Secundário: Avaliar o impacto da identificação etiológica utilizando o método PCR real-time no diagnóstico comparando com os métodos usuais (hemocultura e cultura de escarro/lavado bronco alveolar); avaliar a prevalência de coinfecção e sua associação com gravidade; avaliar a adequação da prescrição antimicrobiana empírica para o agente identificado pelas técnicas do estudo, analisando simultaneamente a prescrição excessiva. Materiais e métodos: Estudo unicêntrico, transversal, prospectivo, cego para o médico na assistência ao paciente, com duração de um ano (entre 19 de setembro de 2017 a 20 de agosto de 2018). Foi coletado swab nasofaringeo para identificação via mRT-PCT de 13 bactérias e 21 vírus. Resultados: Um total de 169 pacientes foram incluídos no estudo. O painel mPCR identificou o agente etiológico em 61,5% dos pacientes, com os vírus sendo os mais comuns (42,01%), liderados pelo Rhinovirus, seguidos pela Influenza e o Coronavírus (não SARS-CoV-2). Agentes bacterianos foram identificados em 34,91% dos pacientes, com o S. pneumoniae sendo o mais comum, seguido por H. influenzae, M. catarrhalis, e S. aureus. Esses agentes identificados diferem dos sugeridos pela última diretriz brasileira. Como consequência da identificação do agente etiológico, a prescrição para 92,3% dos pacientes poderia ser modificada, com a maioria das alterações envolvendo o descalonamento da terapia com antibióticos e antivirais. Conclusão: A identificação precisa dos principais agentes etiológicos da PAC é de suma importância para reconhecer os agentes mais prevalentes em nossa população, adequar a terapêutica medicamentosa, minimizar o uso desnecessário de antibióticos e reduzir o risco de óbitoIntroduction: Community-acquired pneumonia (CAP) is the primary cause of hospitalization in the United States and the third leading cause of death in Brazil. The gold standard for diagnosing the etiology of CAP includes blood culture, Gram-stained sputum, and sputum culture. However, these methods have low sensitivity. No studies investigating the etiology of CAP have been conducted in Brazil. The empirical choice of antimicrobials is recommended by national guidelines, which are primarily based on the IDSA guidelines. Objectives: Primary: Identify the main etiological agents causing community-acquired pneumonia in patients admitted to the Hospital das Clínicas of the Faculty of Medicine of São Paulo. Secondary: Assess the impact of etiological identification using the real-time PCR method in the diagnosis compared to the usual methods (blood culture and sputum/bronchoalveolar lavage culture); evaluate the prevalence of co-infection and its association with severity; assess the adequacy of empirical antimicrobial prescription for the agent identified by the study techniques, simultaneously analyzing excessive prescription. Materials and methods: This is an unicentric, cross-sectional, prospective study, blinded to the physician in patient care, lasting one year (from September 19, 2017, to August 20, 2018). Nasopharyngeal swab was collected for identification by mRT-PCR of 13 bacteria and 21 viruses. Results: A total of 169 patients were included in the study. The mRT-PCR panel identified an etiological agent in 61.5% of patients, with viruses being the most common (42.01%), led by Rhinovirus, followed by Influenza and Coronavirus (non- SARS-CoV-2). Bacterial agents were identified in 34.91% of patients, with S. pneumoniae being the most common, followed by H. influenzae, M. catarrhalis, and S. aureus. These identified agents differ from those suggested by the latest Brazilian guideline. Additionally, we found that the prescription for 92.3% of patients could be modified, with most changes involving the de-escalation of antibiotics and antiviral therapy. Conclusion: Accurate identification of the main etiological agents of CAP is of maximum importance to recognize the most prevalent agents in our population, adjust the drug therapy, minimize the unnecessary use of antibiotics, and reduce the risk of deat