KARAKTERISASI DAN IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI ENDOFIT AKAR VETIVERIA ZIZANIOIDES L.

Telah dilakukan penelitian mengenai karakterisasi dan identifikasi molekuler bakteri endofit akar Vetiveria zizanioides L. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi dan mengidentifikasi morfologi bakteri endofit akar V. zizanioides L. Pengamatan karakteristik bakteri endofit V. zizanioides L. dilakukan dari sisi morfologi, bentuk sel dan jenis Gram, penapisan antimikroba, dan aktivitas biokimia yang meliputi uji hidrolisis pati, hidrolisis lipid, hidrolisis kasein, fermentasi karbohidrat, uji katalase, dan urease. Penelitian dilanjutkan dengan melakukan identifikasi secara molekuler pada dua isolat yang memiliki kemampuan menghambat pertumbuhan tiga bakteri patogen. Identifikasi dilakukan dengan menggunakan analisis sikuen parsial gen 16S rRNA yang diamplifikasi menggunakan primer 63F dan 1387R. Analisis bioinformatik sikuen parsial gen 16S rRNA menggunakan program BLASTN pada situs GeneBank. Hasil penelitian ini diperoleh 17 isolat yang memiliki karakteristik morfologi yang beragam. Hasil pewarnan Gram diperoleh 65% diantaranya memiliki bentuk sel batang (Basil), sedangkan isolat bakteri bentuk bulat (Kokus) hanya memiliki persentase 35%. Pengujian aktivitas biokimia memperlihatkan hasil yang berbeda dari setiap bakteri. Berdasarkan hasil penapisan antimikroba, sepuluh isolat bakteri memiliki kemampuan menghambat pertumbuhan bakteri patogen. Dua isolat yang memiliki kemampuan menghambat pertumbuhan tiga bakteri patogen dalam uji penapisan antimikroba adalah isolat F dan G. Hasil analisis bioinformatik menunjukkan bahwa isolat bakteri F merupakan spesies Pseudomonas sp. dengan persentase identitas kemiripan 96%, sedangkan isolat bakteri G merupakan spesies Burkholderia cepacia yang memiliki persentase identitas kemiripan 98%