Comparison of RAPD and AFLP as methods for genetic identification on Vitis based on the analysis of anonymous genomic sequences/COMPARACIÓN DE RAPD Y AFLP COMO MÉTODOS DE IDENTIFICACIÓN GENÉTICA DE VID BASADOS EN EL ESTUDIO DE FRAGMENTOS GENÓMICOS ANÓNIMOS

Until recently grape cultivars were identified based entirely on ampelographic criteria. Currently a number of molecular techniques based on PCR can be applied for exhaustive genetic analysis on plants. These methods proceed through the direct analysis of DNA, in this way avoiding the interference due to environmental interactions. In this paper the application of RAPD and AFLP for the analysis of genetic diversity in a group of more than 50 grape cultivars is presented. Using 18 RAPD primers, 103 information bands were identified, corresponding to 29.9% of polymorphism. In comparison, using only four AFLP primers produced 86 information bands, with a very similar percentage of polymorphism (29.6%). Both methodologies exhibited an adequate degree of reproducibility, evaluated on a collection of 48 Cabernet Sauvignon clones. The dendrograms based on these data sets graphically depicted the ability of both methods to differentiate all the cultivars studied. In the case of Cabernet Sauvignon clones, AFLP permitted the identification of a number of differences that could be related to morphological differences detected among these clones, such as cluster length. The comparison of both methods, principally related to their ability to differentiate cultivars and clones, suggests that AFLP is the more adequate method for both purposes. Nevertheless, both methods could be implemented, given that under controlled conditions appropriate levels of polymorphism and reproducibility are displayed. RESUMEN Hasta hace un tiempo, los cultivares de vid sólo podían ser diferenciados en base a observaciones ampelográficas. Actualmente se dispone de numerosos métodos moleculares basados en PCR que permiten un exhaustivo análisis genético de las plantas analizando directamente su genoma y evitando de esta manera la interferencia de efectos ambientales. En este trabajo se presentan los resultados de la aplicación de dos de estos métodos, RAPD y AFLP, para estudiar la diversidad genética existente en un grupo de más de 50 cultivares de vid. Usando 18 partidores de RAPD se identificaron 103 bandas informativas, correspondiente a un 29,9% de polimorfismo. Por su parte, usando cuatro combinaciones de partidores de AFLP se obtuvieron 86 bandas informativas (29,6% de polimorfismo). Ambos métodos mostraron un adecuado grado de reproducibilidad, evaluada sobre una colección de clones de Cabernet Sauvignon. Los dendrogramas preparados en base a estos datos graficaron la capacidad de ambos métodos para diferenciar todos los cultivares estudiados. En el caso de los clones de Cabernet Sauvignon, AFLP permitió identificar una serie de diferencias que podrían estar asociadas a diferencias en el largo de los racimos que presentan estos clones. La comparación de ambos métodos, principalmente en cuanto a su capacidad para diferenciar cultivares y clones, sugiere que AFLP es el método más adecuado para ambos propósitos. Sin embargo, ambos métodos podrían ser implementados, dado que bajo condiciones controladas muestran apropiados niveles de polimorfismo y reproducibilidad