New contributions for modeling and simulating high performance computing applications on parallel and distributed architectures

In this thesis we propose a new simulation platform specifically designed for modeling parallel and distributed architectures, which consists on integrating the model of the four basic systems into a single simulation platform. Those systems consist of storage system, memory system, processing system and network system. The main characteristics of this platform are flexibility, to embrace the widest range of possible designs; scalability, to check the limits of extending the architecture designs; and the necessary trade-offs between the execution time and the accuracy obtained. This simulation platform is aimed to model both existent and new designs of HPC architectures and applications. Then, depending on the user's requirements, the model can be focused on a set of the basic systems, or by the contrary on the complete system. Therefore, a complete distributed system can be modeled by integrating those basic systems in the model, each one with the corresponding level of detail, which provides a high level of flexibility. Moreover, it provides a good compromise between accuracy and performance, and flexibility provided for building a wide range of architectures with different configurations. A validation process of the proposed simulation platform has been fulfilled by comparing the results obtained in real architectures with those obtained in the analogous simulated environments. Furthermore, in order to evaluate and analyze how evolve both scalability and bottlenecks existent on a typical HPC multi-core architecture using different configurations, a set of experiments have been achieved. Basically those experiments consist on executing the two application models (HPC and checkpointing applications) in several HPC architectures. Finally, performance results of the simulation itself for executing the corresponding experiments have been achieved. The main purpose of this process is to calculate both the amount of time and memory needed for executing a specific simulation, depending of the size of the environment to be modeled, and the hardware resources available for executing each simulation. ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------En esta tesis se propone una nueva plataforma de simulación específicamente diseñada para modelar sistemas paralelos y distribuidos, la cual se basa en la integración del modelo de los cuatro sistemas básicos en una única plataforma de simulación. Estos sistemas están formados por el sistema de almacenamiento, el sistema de memoria, el sistema de procesamiento (CPU) y el sistema de red. Las principales características de esta plataforma de simulación son flexibilidad, para abarcar el mayor rango de diseños posible; escalabilidad, para comprobar los límites al incrementar el tamaño de las arquitecturas modeladas; y el balance entre los tiempos de ejecución y la precisión obtenida en las simulaciones. Esta plataforma de simulación está orientada a modelar tanto sistemas actuales como nuevos diseños de arquitecturas HPC y aplicaciones. De esta forma, dependiendo de los requisitos del usuario, el modelo puede estar enfocado a un conjunto de sistemas, o por el contrario, éste puede estar enfocado en el sistema completo. Por ello, se pueden modelar sistemas distribuidos completos integrando los sistemas básicos en un único modelo, cada uno con su nivel de detalle correspondiente, lo cual proporciona un alto nivel de flexibilidad. Además, esta plataforma proporciona un buen compromiso tanto entre precisión y rendimiento, como en la flexibilidad proporcionada para poder construir un amplio rango de arquitecturas utilizando diferentes configuraciones. Además, se ha llevado a cabo un proceso de validación de la plataforma de simulación propuesta, comparando los resultados obtenidos en entornos reales con aquellos obtenidos en los modelos análogos. Posteriormente, se han realizado una serie de experimentos para realizar una evaluación y análisis de cómo evolucionan, tanto la escalabilidad como los cuellos de botella, existentes en una arquitectura HPC típica multi-core utilizando diferentes configuraciones. Básicamente estos experimentos consisten en ejecutar 2 modelos de aplicaciones (HPC y checkpointing) en varias arquitecturas. Finalmente, se han calculado datos de rendimiento de la propia plataforma de simulación con los experimentos realizados. El propósito de este proceso es calcular, tanto el tiempo como la cantidad de memoria necesaria, para ejecutar una simulación concreta dependiendo tanto del tamaño del entorno simulado, como de los recursos disponibles para ejecutar tal simulación