Genomics: Implementation, application and future

Het RIVM heeft binnen de organisatie genomics opgezet. Genomics houdt zich bezig met grootschalig onderzoek aan DNA en genen. Inmiddels past het RIVM deze technologie toe in een groot aantal projecten, waarbij voornamelijk gebruik wordt gemaakt van transcriptomics. Hiermee wordt de expressie (activiteit) van duizenden genen tegelijkertijd gemeten. De verandering in de genexpressie van cellen of weefsels (bijvoorbeeld na blootstelling aan stoffen of micro-organismen) geeft aan welke biologische routes (in)actief worden. Dit leidt tot een beter begrip over het ontstaan van ziektes of toxicologische effecten. Het geeft mogelijkheden tot preventie, behandeling of interventie. Daarnaast kan het RIVM deze kennis inzetten om beter te adviseren over stoffen en geneesmiddelen. Het RIVM maakt ook gebruik van genoomhybridisaties om te bepalen hoeveel kopieen van een gen in het DNA van een soort aanwezig zijn. Deze techniek wordt toegepast bij de typering van kinkhoeststammen. Voor het grootschalig typeren van de genetische variatie in de bevolking schaft het RIVM geen apparatuur aan. Dit type onderzoek zal het instituut samen met externe partners uitvoeren middels de Illumina-techniek. Met deze technologie kan het RIVM de rol van genetische variatie op het ontstaan en verloop van het metabool syndroom (een combinatie van overgewicht, hoge bloeddruk, hoge cholesterolwaarden en suikerziekte) en bepaalde infectieziekten bestuderen om risicogroepen vast te stellen. Ook kunnen gevoelige groepen geidentificeerd worden ten behoeve van risicobeoordeling van stoffen en geneesmiddelen. Het RIVM verwacht genomics in een steeds groter aantal projecten toe te passen. Daarnaast is het van belang aanvullende technologieen zoals proteomics (het grootschalig bestuderen van eiwitten) RIVM-breed op te zetten. Proteomics zal een grote rol gaan spelen bij bevolkingsonderzoeken en in screenings-programma's van micro-organismen.Genomics - the large scale analysis of hereditary information encoded in the DNA - has been implemented at the National Institute for Public Health and the Environment (RIVM) in the Netherlands. In the near future other large-scale technologies will become important for the RIVM, including proteomics (the large-scale study of proteins), which will play a large role in screening applications on micro-organisms and for population screening programmes. Currently, mainly transcriptomics - the simultaneous measurement of gene expression changes in thousands of genes - is used. By comparing gene expression changes between cells/tissues treated with compounds or micro-organisms, for example, the biological pathways that become active (or inactive) can be determined. This leads to a better understanding of the origins of diseases or toxic effects and therefore to possibilities for prevention, treatment or intervention. This knowledge is also important for legislation on chemical substances and drugs. Additionally, genomic hybridisations were performed to determine the copy number of a gene in a genome. This technique is used for typing whooping cough strains. For large-scale typing of genetic variation it was decided not to invest in equipment, but to cooperate with external partners. This type of measurement applies to the study of the role of genetic variation in the origin and cause of the metabolic syndrome and certain infectious diseases so as to determine risk groups in the Dutch population. This application can also be used to identify risk groups for risk assessment of chemical substances and drugs. Genomics is currently used in an increasing number of projects. It is also important that additional technologies such as proteomics (and later possibly also metabolomics) are set up RIVM-wide.RIV