Adjacent mutations to ovine PrnP codons 136 and 171 affect performance of the diagnostic protocol based on RT-PCR coupled to fluorescence probes

Adjacent mutations to ovine PrnP codons 136 and 171 affect performance of the diagnostic protocol based on RT-PCR coupled to fluorescence probes In this work we show the problems we have found, in the performance of a diagnostic protocol for the 136, 154 and 171 codons of the PrnP ovine gene based on RT-PCR, when mutations exist in the adjacent nucleotides of these positions. A total of 90 individuals belonging to 3 Spanish (Xalda, Rubia del Molar and Colmenareña) and 3 Burkina Faso sheep breeds (Sahel, Djallonké and Mossi) were genotyped. Only 3 alleles (ARQ, ARR y AHQ) were found in the Burkinabé breeds. Diagnostic could not be carried out on codons 136 and 171 in 3 Burkinabé individuals. A total of 410 base pairs of the PrnP gene including codons 136, 154 and 171 were sequenced allowing the identification of polymorphisms on codons 138, 143 and 172. The identified polymorphisms affected diagnostic performance. Programmes using the PrnP genotype as selection criterion could also be affected.Este trabajo pretende mostrar los problemas encontrados en el protocolo diagnóstico basado en RTPCR de los codones 136, 154 y 171 del gen PrnP ovino cuando existen mutaciones en la secuencia del gen en los nucleótidos adyacentes a estas posiciones. Se han genotipado un total de 90 individuos pertenecientes a 3 razas españolas (Xalda, Rubia del Molar y Colmenareña) y 3 poblaciones ovinas de Burkina Faso: Sahel, Djallonké y Mossi. Como resultados más destacados, en las razas de Burkina Faso sólo se encontraron 3 alelos (ARQ, ARR y AHQ) con ausencia del alelo VRQ. Además, en 3 individuos el protocolo no fue capaz de identificar ninguno de los polimorfismos en los codones 136 y 171. Se secuenciaron 410 pares de bases del gen PrnP incluyendo los codones 136, 154, y 171, y se identificaron varios polimorfismos en los codones 138, 143 y 172. Estos polimorfismos afectan al resultado del protocolo diagnóstico. Se concluye que la existencia de polimorfismos en las regiones adyacentes de los codones genotipados, pueden afectar a los resultados de algunos protocolos diagnósticos, y con ello a los esquemas de selección de algunas razas ovinas basados en los genotipos del gen Prnp