Avis de l'Anses relatif à la définition des souches pathogènes d’Escherichia coli productrices de shigatoxines

Citation suggérée : Anses (2023). Avis relatif à la définition des souches pathogènes d’Escherichia coli productrices de shigatoxines (saisine n°2020-SA-0095). Maisons-Alfort : Anses, 63 p.Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) sont des souches pathogènes d’E. coli responsables de diarrhée ou de colite hémorragique pouvant s’aggraver en syndrome hémolytique et urémique (SHU), surtout chez le jeune enfant, le sujet âgé et/ou immunodéprimé.L’avis de l’Anses du 18 mai 2017 indique que toute souche d’E. coli isolée chez l’Homme ou dans les aliments devrait être considérée comme une EHEC si elle possède les gènes de virulence stx1 et/ou stx2 et eae ou d’autre(s) gène(s) codant un système d’adhésion au tube digestif de l’Homme (Anses 2017). Certains sérotypes d’EHEC sont plus fréquemment associés à une maladie grave (SHU).L’Agence avait établi dans cet avis une classification des souches en fonction de leur risque pour la santé publique en France, selon les critères définis par le panel BIOHAZ de l’EFSA en 2013 (sérotypes et facteurs de virulence) et en se fondant sur les données épidémiologiques françaises et européennes.En 2018, un groupe d’experts FAO/OMS a proposé un ensemble de critères pour catégoriser lessouches d’E. coli productrices de shigatoxines (STEC) en fonction du risque de forme clinique sévère (FAO/WHO 2018). Cinq niveaux de risque sont définis sur la base des profils de gènes de virulence. Le groupe conclut que le sérotype ne devrait pas être considéré comme un critère pour prédire la virulence des souches.En janvier 2020, l'EFSA a publié l’avis du panel BIOHAZ concernant l’évaluation de la pathogénicité des STEC sur la base des données de santé publique disponibles en Europe (EFSA BIOHAZ Panel 2020). Cet avis conclut que toutes les souches de STEC sont pathogènes avec la capacité de causer a minima une diarrhée, et que tous les sous-types de STEC peuvent être associés à des maladies sévères chez l’Homme. Le panel BIOHAZ de l’EFSA considère que la classification de la pathogénicité des STEC en fonction des sérotypes et de la présence de facteurs de virulence proposée dans son précédent avis de 2013 n’est plus valide.L’Anses est saisie pour actualiser voire compléter la définition des souches pathogènes proposée dans l'avis de mai 2017 au vu de l'avis du panel BIOHAZ de l'EFSA (2020), du rapport FAO/OMS (2018) et des autres données et publications récentes qui pourraient alimenter la réflexion.Les questions posées dans la saisine sont les suivantes : - « Sur la base des données de santé publique disponibles, quels sont les déterminants de lavirulence des souches de STEC ? - Dans quelle mesure la prise en compte des sous-types du gène stx ou de tout autre facteurgénétique permettrait-elle de rendre plus discriminante la typologie des souches de STECproposée dans votre avis de mai 2017 au regard de leur niveau de pathogénicité ?