Analisis Bioinformatika interaksi Protein Tirosin Fosfatase A (PtpA) dengan Asam Lemak Trans-2-Eikosenoat

Telah dilakukan studi in silico (secara bioinformatika) mengunakan teknik molecular docking untuk mengetahui interaksi antara Protein Tirosin Fosfatase A yang merupakan protein virulensi dari Mycobacterium tuberculosis (Mtb) penyebab penyakit TB dengan senyawa Asam lemak trans-2-eikosenoat sebagai inhibitor (target obat baru TB). Beberapa tahap yang dilakukan dalam studi ini mendapatkan struktur PtpA di web Protein Data Bank (PDB) dengan ID 1U2P dan resolusi 2,5 Å (www.pdb.org). selanjtnya analisis dilakukan dengan software Docking Blaster untuk melihat apakah Asam lemak trans-2-eikosenoat memiliki potensi dalam menginhibisi PtpA, hasilnya kemudian ditampilkan dengan software Chimera 1.10.2. Studi bioinformatika ini, dianalisis juga menggunakan Vina Autodock-MGL tools, lalu hasilnya diview menggunakan program Pymol. Pada tahap screening dengan Docking Blaster, didapatkan 5 pocket yang memungkinkan untuk tempat PtpA akan berikatan dengan senyawa Asam lemak trans-2-eikosenoat dengan energi ikatan paling rendah - 77,51 kJ/mol yang menunjukkan bahwa senyawa tersebut memiliki potensi yang besar dalam enginhibisi enzim PtpA. Hasil docking juga menunjukkan interaksi antara ligand (inhibitor) dengan receptor (enzim) yakni interaksi antara ligand dan reseptor melalui interaksi ikatan hidrogen dengan gugus R polar yakni residu asam amino Thr41, Gly35 dan Asp70 serta interaksi ikatan hydrogen dengan residu non polar Pro58, dan residu basa Arg39. Oleh sebab itu, penemuan ini menunjukkan kemungkinan untuk mengeksplorasi asam lemak trans-2-eikosenoat sebagai inhibitor yang potensial untuk protein modulator Mtb